一是破坏了动物的微生态平衡。使用抗生素在杀灭病原菌的同时，也消灭和干扰了动物体内的有益微生物，引起菌群失调而引发各种疾病，并造成条件致病菌过度繁殖而出现定位转移，引起二重感染和内源性感染。
二是产生抗药性。使某些动物疾病的治疗越来越不理想。而且创造出许多任何抗生素都无法消灭的“超级细菌”。
三是破坏动物生理机能，使动物免疫功能和生产性能下降。
四是药物在动物体内及动物产品(如肉、蛋、奶)中残留。
五是通过食物链危害人类健康。
六是严重的环境(水、土壤)污染。
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