目前，中国生物肥料年产量达到1200万吨，年产总值200亿元。在未来几年将会迎来快速发展期。具体讲，在“十三五”和更长时期国家将大力支持和发展微生物肥料产业，其方向重点在两个方面：一是突破微生物和生物功能物质筛选与评价、高密度高含量发酵与智能控制、新材料配套增效等关键技术，创制和推广一批高效固氮解磷、促生增效、新型复合和专用的绿色生物肥料新产品；二是加快研发污染土壤的植物－微生物联合修复技术、重金属污染土地的生物固化与生物修复技术、以及土壤农用化学品残留组分的生物消减（消除）技术，创制土壤生物修复新产品，集成配套技术体系，建立土壤联合修复的技术模式，逐步消除土壤污染物，改良和修复土壤。
从目前微生物市场情况来看，虽然进入这个领域的企业数量猛增，但一直缺少领军企业和标杆产品，微生物肥料推广实力弱，更缺少系统的应用研究，导致整个产业很难形成合力。
