科技创新能力弱，技术装备水平低。农药品种仍以仿制为主，绝大多数企业研发投入占销售收入比例不足1%；绿色环保产品少，高毒高残留农药占一定比例，仍未淘汰等。
农业部农药检定所所长隋鹏飞表示，除企业数量众多，小、散、乱现象严重外，产品重复登记、同质化竞争异常激烈也是制约我国农药工业发展的瓶颈。根据2014年中国农药登记数据，我国近两年农药产品登记数量保持在3000个以上，2014年登记产品3374个，比上年仅减少了1.6%。
针对这样的格局，《规划》提出，鼓励兼并重组、股份制改造，提高产业集中度，淘汰落后产能，到2015年，前20家农药生产企业的原药产量占总产量的50%以上；调整产品结构，重点发展高效、安全、环保的杀虫剂和除草剂品种，使其占总产量的50%以上，高毒、高残留品种的产量由5%降至3%以下等。
此外，各地配合今年1月1日开始施行的新《环保法》而制定的种种细化政策，也使农药行业受到极大影响。一方面，这些政策要求农药生产企业加大环保投资力度，提高了企业的生产成本；另一方面，它推动了环保不达标的落后小企业的淘汰。目前，这一“双刃剑”效应已显现。
据不完全统计，国内农药主要上市公司有20家。与2013年相比，20家上市企业中有10家企业去年出现了总营业收入下降，有7家企业净利润出现负增长。
某企业事务总监朱庆华表示，国内农药行业需要进一步大浪淘沙，行业在不断洗牌。许多公司已经处于转型中，开始生产更高效环保的产品。而这依赖于科技创新。
国际上农药市场竞争激烈，许多国际性农药公司，每年的科研投入占销售收入的比例高达10%左右。而《规划》提到，国内绝大多数企业研发投入占销售收入比例不足1%，基础研究薄弱，新产品开发后劲不足。《规划》要求到2015年，大型和科技型农药企业研发投入占销售收入的比重达到5%以上，农药全行业的研发投入占到销售收入的2%以上。
