在蔬菜、水果等高效农作物无公害栽培中，微生物农药越来越受到重视，但是常常由于使用不当而造成效果不好，为了提高微生物活体的施用效果和防治效果，因此在施用时要科学施用，做到五防止。
一要在适宜的温度条件下施用。有些农户在施用微生物活体农药时，不注意环境因素，不选择气温较高的天气条件下施用，甚至在冬天和早春寒冷的天气条件下施用，故没有达到预期的防治效果。这是因为，生物农药施用时都要求较高的温度。试验表明，在25℃～30℃之间，喷施后的微生物活体农药防治效果要比在 10℃～15℃之间的高出1至2倍。
二要在湿润的时候施用。如晴天上午10点钟到下午4点钟前等高温干燥的天气条件下施用，效果都不佳。这主要是因为环境湿度不够所致。因此，最好选择阴天、雨后或早晨等湿度大时施用。
三不要强太阳光下施用。没有避开高温、强太阳光的中午施用，引起药效下降。微生物活体农药，最怕强太阳光照射。太阳光中的紫外线对芽孢有着致命的杀伤作用，而且紫外线的辐射对伴孢晶体还能产生变形降效作用，因此要选择在下午4点钟以后或者阴天施用，发挥效果更好。
四要防止施用后遭大雨冲刷。芽孢最怕大暴雨冲刷，因为暴雨会将喷施的菌液冲刷掉。如果喷施后（5～6小时后）遇到小雨，不但不会降低药效，反而可提高防效作用，因为小雨对芽孢发芽大为有利，害虫一旦食后会加速其死亡。所以要根据天气预报确定施用时间。
五要防止与杀菌剂混用。如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。施用后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。但作为一种活体真菌，如果与杀虫剂混用，它们被杀菌剂致死，自然失去杀虫作用。
