观念问题。大多数中国人的观念是“宁为鸡头，不为凤尾”，大家都愿意占山为王，而不愿意合作，不愿意在一个体系内合作共赢。种业人具有其他行业人的通病，更愿意寻求体系之外的自由，而不是共建一个给各个方面人才提供一个自由发挥才能的空间。
企业考评体制的问题。国有体制的业绩考核往往政治诉求第一，这样的考核标准一般会有两大问题，要么盲目做大规模，对于盈利模式，投资效益，投资回收期等缺乏清醒的认识和评估；要么急功近利，对于需要长期投资和长期获得回报的方面，如生物技术和育种则不愿意投资，而宁肯购买现成的品种。
科研体制的限制。现有的种质资源只要掌握在科研部门和大专院校手中，企业即便是想投资科研，种质资源、特别是有价值的资源的收集也是巨大的挑战。
民营企业则家族观念严重，对于外来职业经理人缺乏信任，团队建设无从谈起，企业发展后继乏力。
激励机制。激励机制缺乏灵活性和短期与中长期利益的结合。许多企业重罚不重奖，承诺的奖励难以兑现，或者短期的奖励份额过大而中长期的奖励不足等问题。
总体而言，中国种业的市场化起步晚，市场和产业还在摸索和转型之中。西方发达国家种业的产业化是如何做到的，其中核心点是哪些，我们在产业化过程中会遇到哪些问题，针对这些问题可能的应对方案又有哪些等等。这些问题都需要我们不断思考和探索，最终走出一条适合中国国情，又能够与国际接轨的种业产业化道路。
