一个国家的种业发展需要良好的制度保障，但我国种业却不得不长期面对三个制度性缺陷及/或陷阱。
知识产权保护不力，属于制度性缺陷，须要通过完善和落实知识产权保护制度来修复市场经济的硬伤。品种审定制度抑制育种创新，如今搞到天怒人怨，成为压制种业发展的制度陷阱，任何企业、科研机构都逃不脱这个陷阱。最终结局是中国企业失去创新能力。尽管有人给审定制度辩解，2月1日实施的新的品种审定管理办法甚至在旧审定制度的基础上更加倒行逆施，但企业、科技人员和一些地方的种子管理部门都越来越看得清楚，这个矛盾算是铁定了埋在那里，迟早要爆发。盲目投资和局部泡沫则是另一个由不良制度造成的陷阱，其背后的推手是官僚主义加计划经济管理方式，其后果是误导了企业的投资和育种方向，足以置一些企业于死地。
专家教授曾经在一段时期内误导了育种方向和育种技术路线，也误导了科技体制改革和技术创新方向，这是利益驱动机制对公益性科研机构造成的恶果。但技术误导终归可以扭转过来，而制度层面却已经形成利益集团化和权力腐败化，很难扭转。在打虎拍苍蝇的同时，基层则趋向于黑社会化，迟早要腾出手来予以打击。
来自专家层面的失误根源在管理体制。一方面是科技部长期计划经济管理模式对育种方向有误导效应，但科技人员尚可以识别和提出修正意见，或者在实践中巧妙地趋利避害。最近十几年，科技部对农业科技的影响力弱化，但另一个更糟糕的管理因素，利用了科技界的双重利益集团和内在矛盾，以更强大的力量误导玉米育种方向，这就是品种审定制度。这种自以为是挥舞“指挥棒”的行为导致越来越严重的人员腐败和潜规则横行玉米育种界和种业界。
不要把腐败责任推卸给企业和基层的科技人员，根源在管理层。中国的种子企业相对计划经济管理体制属于弱势群体，为了艰难地生存下去而不得不屈服于来自官僚集团的制度性扭曲和腐败，不得不忍气吞声。科研机构早就怒不可遏，为什么也不出声？因为双重利益的纠缠，不愿意损害各自利益。于是各种扭曲力量绞合在一起，助长了今天的腐败泛滥。管理部门很纠结，职责所系不能让种子产业垮掉，但又害怕企业做大做强，官僚体制就会松动，甚至崩溃。某心灵扭曲导致恶政横行，而官僚主义为虎作伥。制度性腐败总会发威，或者企业崩溃，或者官僚势力崩溃，或者同归于尽。
如今，腐败已经迫使技术失真，走向片面化和绝对化，丝毫不顾及科学技术。很惭愧，我不得不把40多年前的某些科学知识和应用技术说成是新的技术。这是因为那些自以为是的家伙自以为懂得育种、懂得试验方法、还懂得统计学，其实不懂，但根本问题不是不懂技术，而是腐败。恰恰是官僚集团在阻碍品种审定制度的改革与创新，也阻碍了育种方向的调整和技术创新。
遏制腐败行为的措施之一就是利益区分。科研机构的品种区域试验重新交给中国农科院和各省农科院领导和执行，然后经国家品种审定部门审定，通过利益区分和互相监督，至少可以遏制住目前品种区域试验和审定过程中越来越严重的潜规则和腐败行为。育繁推一体化企业的品种试验走绿色通道。其他企业的品种试验和审定继续由农业部和各省农业管理部门组织试验和审定。按照利益划分进行管理，将可以有效地抑制腐败行为。所有的品种试验和审定以后，都施行注册制度，与市场经济衔接，所有的品种都要有人为其负责。
腐败之下没有真理。这是品种审定制度从技术环节演变成官僚体制后腐败的根源。总有一天企业会壮大，人们就会回顾历史而深究腐败，到那时，不要再把责任推卸到专家教授和院士头上，更不要推卸到企业头上。知识缺陷和利益纠葛不等于是制度腐败。但现在的分歧已经超出了知识和利益范畴……
盲目投资和局部泡沫是另一个制度性陷阱，其后果是误导了企业的投资和育种方向。这个陷阱表面上看似乎很诱人，但足以置企业于死地。登海就是一例。在“超级”育种大项目诱惑之下，国家的少量投资吸引了企业的大量资源，由于偏离正确的育种方向，使得每年2000万元上下的研发投入打了水漂，更导致企业收益率下降，进退维谷。今后要想走出阴影，就必须坚持改革与创新的思路，否则即使死不了，也活不好，不可能焕发出创新活力。
最近十几年，有关部门审查种业投资项目，国家每年大约扶持10家左右企业发展种业技术，每年我都建议企业增加穗烘干工艺和现代化的加工设施，但很多企业不积极，表面应付，实际上不做事。到了2011年，国务院8号文件还没有正式公布，企业已经闻风而动，开工建设穗烘干流水线。这时候，政府部门继续加大投资力度，就已经转变成误导。2011年以后，国家就应该引导企业向商业育种研发的薄弱环节投入。可是，管理部门却继续超量投入基地建设和加工流水线建设，很快就导致种子生产和加工能力严重过剩，一年的种子库存和生产量够两年销售。预计很多企业将破产垮掉。而有关部门不需要承担责任。他们还在凭借手中权力，把数量不多的国家种业经费集中向甘肃制种基地过量投入，没有花在亟需要扶持的领域，不但浪费纳税人的钱，而且扰乱了市场经济秩序，祸害的是企业。
不少企业渴望国家科技项目投入，但国家不过给了你区区小钱，却要钓出你的大钱，投入到错误方向去。这样的例子屡见不鲜，最突出的就是“超级”、“超”高产和“强优势”育种。最近的事例则是分子育种平台，个别官员一意孤行，几家企业无奈，只好违心地各自认下几百万甚至上千万元，满足官员的投机心理，殊不知这是没有任何产业基础的冒险行为，无论企业的投入还是国家的几个亿投入都经不起瞎折腾，必将把部分企业拖垮。这件事还在发酵中，我们慢慢看结果好了。看什么呢？看谁会垮掉，看谁能捡便宜。
佟先生最近撰文指出，政府职能部门不应该“越位”，也不应该“缺位”，但不幸的是，两者相伴而生，就不能不引起警觉，到底出了什么问题？这些绝非简单的管理问题！
政府职能部门如果“越位”，插手市场经济运行，管了不该管也管不好的事情，无论背后原因是什么，到头来，只会造成市场混乱和恶性竞争。在品种审定这个技术性很强的环节强行插足的恶果只能是促成技术倒退和搞垮自己的种子产业，而行政性垄断的桌面下掩藏着的却是腐败，现在该把问题摆到桌面上来讨论的时候了。
为什么会有制度性腐败蔓延？是利益集团充分利用了中国特色的计划经济与市场经济混合体不和谐与制度的漏洞。处于强势地位的双重利益集团利用这些漏洞捞取好处却不需要承担社会责任。经过二三十年的演变，如今已经固化为集团利益。
在文革以前和文革以后的相当长时间内，我国玉米品种的区域试验和审定制度曾经长期由中国农科院、各省农科院和种子管理系统分工共同主持，当时的管理和技术都比较求真务实，基本上符合科学发展规律，即使有些问题，都能够合理解决，毕竟是科学技术问题。自从九十年代中期转为行政管理以后越来越官僚腐败化。外行管理者自以为是地挥舞指挥棒，不但导致育种越来越偏离产业发展方向，连技术路线也被扭曲，产业很难正常发展，于是腐败盛行。腐败势力成为阻碍改革的主要力量。
存在制度性陷阱又得不到纠正，所以不得不反腐败。企业要有所准备。如果改革顺利，难道还需要反腐败么？改革进行不下去，才需要以反腐败开路。这是不得已而为之。
