一是化肥施用量仍然过大。2012年我国农用化肥施用总量达5839万吨（折纯，下同），约占世界化肥施用总量的1/3，是美国、印度的总和，已成为世界最大的化肥消费国。我国农作物亩均化肥用量21.2公斤，远远高于8公斤的世界平均水平，是美国的3倍，是印度、欧盟的2.5倍。过量施肥不仅增加了农业生产成本，而且消耗了大量资源和能源，造成土壤和地下水污染。
二是施肥结构仍然不尽合理。长期以来，农民养成了重氮肥、轻磷钾肥，重大量元素肥料、轻中微量元素肥料，重化肥、轻有机肥的施肥习惯。目前，我国有机肥资源利用率在25%左右，其中畜禽粪便养分还田率约50%，秸秆养分直接还田率只有35%。有机养分占养分投入总量的40%，较合理施用比例低10个百分点。
三是施肥方式仍然比较落后。东北、黄淮海玉米产区多采取“一炮轰”的施肥方式，造成肥料浪费，后期缺肥。加之劳动力成本增加、施肥器具不配套，化肥浅施、表施、撒施现象比较普遍。专家分析，小麦、水稻和大豆追肥采用地表撒施的超过80%，蔬菜追肥多采取大水冲施的方式，肥料损失较为严重。
