此次考核按照“省级政府组织自查？三部门组织实地核查、综合评价？报国务院？整改落实”的程序展开。为客观、全面反映有关情况，考核将各省（区、市）2011～2013年耕地保有量、基本农田保护面积、耕地占补平衡和基本农田占用补划情况三项指标作为核心内容，同时将2011～2013年耕地增减变化、耕地保护责任落实、制度建设和耕地质量建设等情况作为重要内容。其中，对耕地质量建设与管理情况的考核重点包括：土地整治及高标准农田建设情况、土地复垦情况，耕地质量等别和地力评价结果应用情况、耕地质量等别和地力监测工作开展情况。
《通知》要求，各省（区、市）人民政府要高度重视，组织国土资源、农业、统计等部门认真做好对下一级人民政府耕地保护责任目标履行情况的检查，完成省级自查工作。通过此次考核，全面摸清2011～2013年本行政区内耕地保护情况，对自查过程中发现的问题，要认真查找原因，及时采取措施，切实加强整改，确保耕地保护各项工作落到实处。各省（区、市）2011～2013年自查报告，要求于2014年7月31日前呈报国务院，同时抄送耕地保护目标考核办公室（国土资源部耕地保护司）。省级人民政府对自查情况及相关数据的真实性、准确性和合法性负责。
根据《通知》要求，三部门将于11月底前完成实地考察工作，根据自查、实地核查及日常监管情况，对各省（区、市）2011～2013年耕地保护责任目标履行情况进行综合分析，针对突出问题提出进一步加强和改进的措施，并形成2011～2013年期中考核报告报国务院。届时，三部门将对认真履行耕地保护责任目标且成效突出的省份给予表扬；对考核认定为不合格的责令整改，限期补充数量、质量相当的耕地，补划数量、质量相当的基本农田，整改期间暂停该省（区、市）农用地转用和土地征收审批。考核结果将抄送中央组织部和监察部，作为省级人民政府领导班子和领导干部年度考核、领导干部监察的参考依据。
根据国务院关于省级政府耕地保护责任目标考核的规定，从2006年起，每5年为一个规划期，在每个规划期的期中和期末，国务院对各省（区、市）的耕地保护责任目标履行情况进行考核，2013年为省级政府耕地保护责任目标期中考核年。
