2015年，农业部种子管理局重点工作仍然是深化种业体制改革、推进国家基地建设和强化种业管理三大任务，由政策创设转为抓落实，释放改革活力和政策效力。
抓好种业改革，确保政策措施落地见效
一是推动中国农科院和中国农大抓好权益比例试点，加强跟踪指导和经验总结，探索形成可推广的新模式、新机制，并推动地方开展权益比例改革，努力扩大试点范围。抓好成果交易平台规范运行，开展成果公开推介交易活动，推动成果优化配置、加快转化。二是落实好鼓励科技人员到企业开展技术服务的政策，推动科研单位与企业开展多种方式人才合作，总结推广好做法好经验，打破科技人才流动障碍。三是推动出台良种科研攻关规划和种质资源中长期发展规划，启动全国第三次种质资源普查，实施品种审定绿色通道制度，组织科企联合实施玉米、大豆品种攻关，建立资源共享、权益分配、投入多元的产学研协同攻关机制，加快突破性品种选育推广。到年底前，完成科研单位与所办种子企业“事企脱钩”。
推进国家级育制种基地建设，落实基地项目投资和扶持政策
国家级育制种基地建设重点是海南、甘肃、四川三大基地和国家级制种大县。一是海南南繁基地，会同发改、财政、国土部门和海南省出台南繁基地规划和建设管理意见，报请国务院办公厅转发；将保护区南繁用地确权落实到户，完成重点项目可研编制和批复。二是甘肃、四川制种基地，会同发改委完成基地建设可研报告审批，落实年度项目投资计划，启动项目开工建设。三是落实基地扶持政策，指导制种大县落实、用好财政奖励资金，加强制种基地建设和管理；会同财政部落实中央财政制种保险保费补贴政策，扩大制种保险实施范围。四是建立基地属地管理机制，对国家级制种大县实行一年一检查、两年一考核，结果与大县认定及扶持政策、项目挂钩，落实地方政府属地管理主体责任。
保持严查严打高压态势，标本兼治，打击种子制假侵权行为
农业部种子管理局将进一步联合公安、工商和社会维权力量，继续开展打击侵犯品种权和假劣种子专项行动，使市场秩序有根本性好转。一是突出问题企业和问题市场，强化部门协同和系统联动，加大督导检查力度，抓好大要案查处和信息公开，深挖严打，捣毁一批黑窝点，吊销违法企业许可，曝光违法案件和不法分子。二是推动地方跨省协作执法，形成执法合力，启动行政纪检问责机制，对不作为、乱作为的追究党纪政纪责任。三是启动品种DNA鉴定体系建设，探索建立品种身份标识制度；推行种子委托经营和电商平台销售，扩大可追溯试点范围；四是结合修订《种子法》，推进品种管理制度改革，强化知识产权保护，加大违法处罚力度。
此外，农业部种子管理局将继续推动地方加快种业改革实施意见出台和落实，鼓励地方在种业科研体制改革、人才流动、育种攻关、扶持企业等方面先行先试，积极探索突破。
2014年，农业部种子管理局发挥种业协调组作用，在全面落实种业体制改革51项任务的同时，年初确定的三项重点工作也有新的进展。种业科研体制改革取得突破。联合科技部、财政部制定并下发成果权益比例改革文件，在中国农科院、中国农大启动试点，并建立种业成果交易平台，推动成果赋权和公开交易，调动了科研人员积极性。会同人社部印发《关于鼓励事业单位骨干科技人员到种子企业开展技术服务的指导意见》，打通了科技人才流动管道。国家级育制种基地建设迈出新步伐。会同相关部委将海南、甘肃、四川三大基地建设列为中央事权审批；将26.8万亩南繁基地纳入基本农田永久保护，实行用途管制，按照中央支持、地方负责、社会参与原则，创新建设管理机制，编制了建设规划，正在会签发改委、财政部、国土部和海南省政府报国务院；同时有38个制种大县纳入国家产粮大县奖励范围。种子市场秩序明显好转。联合公安、工商开展打击侵犯品种权和制售假劣专项行动，创新监管机制，坚持部门协同、系统联动，抓大要案查处与媒体曝光，实行挂牌督办与纪检问责，查处了一批套牌制假黑窝点和违法分子，市场秩序明显好转，企业自主品种销量显著增加。
