首先是自然灾害不可低估。农业部预计今年夏季农业气象灾害将呈旱涝并重格局，要求各地时刻绷紧抗灾夺丰收这根弦，立足防大灾、抗大灾，早部署、早安排。
据中国气象局预测，下半年全球将可能发生中等以上厄尔尼诺事件。秋季南方低温阴雨、东北初霜冻提前的可能性比较大，北方冬麦区还可能发生秋冬连旱，将影响秋粮产量形成和秋冬种生产。水稻“两迁”害虫、稻瘟病、玉米螟、黏虫、马铃薯晚疫病等迁飞性、流行性重大病虫发生也具有很大的不确定性。
其次是农产品市场的挑战不可低估。韩长赋表示，从市场价格看，今年以来农产品市场总体走势偏弱，多数农产品价格呈下跌态势，一定程度上影响了农民生产积极性。粮食价格下行压力仍较大，库存又处于历史高位，新粮集中上市后可能出现卖难现象。
再次是农产品质量安全风险和重大动物疫情不可低估。韩长赋指出，下半年是农产品集中上市、消费的旺季，也是动物疫病高发期，保质量、保安全还要付出更大努力。
此外，推进农村改革的复杂性艰巨性不能低估。据韩长赋介绍，当前各地推进农村改革的积极性很高，但也出现了一些苗头性问题。如在农村土地制度方面，承包经营权确权登记颁证进展不一，有的操之过急，有的等待观望；一些地方片面追求土地流转规模和速度，强制下命令、定指标，少数地方甚至出现打着改革旗号低价征用农地、多占耕地的苗头。
最后，持续增加农民收入的难度不能低估。从家庭经营性收入、农民工工资等农民收入的相关构成看，今年增收形势不容乐观。
