尽管甘肃省率先争取省级财政支持补贴配方肥，广泛开展宣传培训，鼓励引导企业生产配方肥，积极探索了许多行之有效的配方肥供应模式。但是企业参与项目的积极性仍需进一步调动，仍有许多难题亟待突破。
政策难题
据了解，当前肥料登记中把配方肥纳入掺混肥或复混肥管理，肥料企业需要生产许可证和肥料登记证，同时肥料登记实行“一品一证”，这个规定给配方肥的推广造成一定困难。
省农业节水与土壤肥料管理总站分析指出，一是大中型肥料企业不愿意生产配方肥。主要原因是配方肥区域性、针对性强，大中型企业肥料规模化生产、批量化供应与配方肥小批量需求之间的矛盾难以突破。同时大中型企业配方肥生产量大、销售区域广、肥料种类多，实行“一品一证”后需要办理的登记证较多，制板、包装等制做时间长、费用高，影响企业参与积极性。二是小型企业不能生产配方肥。小型肥料企业可以满足配方到户、到地、到村的需求，满足农民个性化需求，但多数小型肥料企业由于软硬件受限不能办理生产许可证，小型企业的存在与法律法规冲突，面临着生存困境。三是经销企业不愿经销配方肥。目前市场上出现了氮磷钾比例众多的复混肥，很多氮磷钾的比例与农业部门公布的配方相近，而且不受作物、地点、季节的影响，便于产品生产、销售和库存，而配方肥销售区域、适用作物限制性强，经销灵活性差，经销商不愿意经销配方肥。
有关部门建议加强配方肥管理，在三部委《关于加快配方肥推广应用的意见》的基础上，研究出台操作性强的配方肥管理办法，解决大中型企业“一品一证”和小型企业“生产许可证”难办的问题，从政策层面解决企业参与测土配方施肥工作的积极性。
价格难题
据省农业节水与土壤肥料管理总站调研，配方肥与普通掺混肥相比，没有价格优势，造成配方肥进村、入户、倒地比较困难。
据了解，市场普通掺混肥根据氮肥、磷肥、钾肥市场价格，灵活调整氮磷钾的比例，同一种掺混肥生产批量较大；而配方肥根据土壤测试结果、作物需肥规律、目标产量等因素确定氮磷钾比例，一般钾、磷比例较高，而钾、磷肥料单位价格比氮肥高，造成同养分的配方肥生产成本高于普通掺混肥。配方肥针对性强，同一配方的配方肥生产量不大，包装、库存成本增加，配方肥没有价格优势。同时，一线肥料经销商直接面对农民，他们对农民购肥影响力很大，他们推什么肥，农户一般就买什么肥。但经销商追求利润最大化，普通复混肥、掺混肥由于大批量生产零售利润大，配方肥由于小批量生产利润相对较小。因此，在现有的管理体制下，一线肥料经销商经营配方肥的热情不高。
技术难题
测土配方施肥技术与农田节水、土壤有机质提升等主推技术集成力度不够，研发的配方针对性不强，生产的配方肥适用性不高，限制了配方肥的大面积推广应用。
如“全膜双垄沟播技术”，要解决覆膜后追肥难、生产后期脱肥的问题，就需要研究缓控释配方施肥技术；在灌区和日光温室等保护性耕作中主推的膜下滴灌、垄作沟灌、垄膜沟灌技术中，需要研究推广灌溉、施肥相结合的水肥一体化施肥技术；在种植绿肥、秸秆还田、增施有机肥等土壤有机提升行动中，要充分考虑到有机肥在培肥地力、增加土壤养分方面的贡献，需要研究有机-无机相结合的施肥技术。但是，由于试验研究基础数据较少、技术集成力度不够，为重大技术提供支撑的肥料配方较少，制约了配方肥的大面积推广应用。
