3月19日晚间，敦煌种业发布了2014年年报。2014年，公司实现营业收入12.56亿元，同比下降33%，全年亏损3.24亿元。
仅来自油脂公司的亏损额就达到1.91亿元。2004年，敦煌种业为延长棉花副产品棉籽的产业链，投资了油脂公司，并在2010年决定在新疆投资收购国内最大、设备最先进的棉籽油加工企业——新疆玛纳斯油脂公司。2011年利用募集资金完成收购后，棉籽价格已在四年时间翻了一番，棉籽油却从2008年高点的14000元/吨，跌至2014年年末的3900元/吨，暴跌72%。
为此，公司决定退出油脂产业，甩掉包袱，集中力量做好种子产业。由此，油脂公司计提减值损失1.32亿元，加行亏损和其他费用，亏损数额达1.91亿元。
种子产业由于国内市场严重供大于求，公司缩减了制种面积，受种子套牌影响销量下降了24%。为了推广具有优势的七大自有品种，公司对制种结构进行了调整，对部分库存种子计提了减值损失4100万元，来自种业的损失达到1.12亿元。
公司最大的盈利来源——敦煌种业先锋良种有限公司，收入5.96亿元，较上年减少9000万元，同比下降13%；盈利1.5亿元，同比下降27%。为了应付套牌现象，敦煌种业先锋良种有限公司将在原有的主力产品先玉335之外，扩大先玉508、420等优势品种规模，以及其他新审定品种，有望抑制套牌现象，促进盈利稳步增长。
2014年，公司自有知识产权品种吉祥1号，销量达到400余万公斤，较上年的150万公斤增长超过200%，但由于销售策略降低了售价，收入并未实现同幅度增长。
