我国地大物博，幅员广阔，适合育种制种农田的分布地有很大不同，因此企业在进行土地流转规模化制种时，就需要因地制宜。
中国种子集团在甘肃省张掖市甘州区通过“反租包干”的模式流转了近1万亩制种田，土地集中流转后，承包给当地89个制种大户，同时聘请示范基地的农户从事田间作业，让农民流转土地后依然“有事干、有钱赚”，这样既有效解决了种业生产的隔离区问题，保障了种子的生产质量，同时还有利于减少私留种子、套购种子等现象的发生。北京奥瑞金种业股份有限公司同样在甘肃省临泽县流转了1.8万亩制种田，他们采用了农场式的管理方式，从村委会入手，由村干部牵头组织农户进行土地流转。在四川等田块分散的地区，很多种企呼吁国家出台相应鼓励政策，引导有经济能力的农户因地制宜地开展湿度规模经营，中种集团在四川省眉山地区也流转土地并开展了规模化制种尝试。
通过土地流转实现规模化经营是发展现代种业的必然要求，更是现代种业未来发展大趋势。但现实是，全国的制种基地和制种田或多或少都在萎缩。中国种子集团副总经理田冰川谈到制种基地土地流转问题时说：“就目前情况来说，由于国内种企规模相对较小，品种单一，承担风险能力相对较弱，种企开展土地流转、规模化经营依然面临着巨大的风险和困难。”
面对行业竞争，国内种企应该强化科技支撑，在优化用工和管理方式的同时，探索新型制种经营体系。此外，相应的种业保险也应不断完善，以提高国内种企的抗风险能力。“国家可以通过区域规划的方式，制定制种基地保护区，从源头确保粮食生产用种的质和量。”北京奥瑞金种业股份有限公司总经理刘一政说，“对于保护区内的农民可以根据情况给予制种补贴，以调动其制种积极性。”
全国各地的制种基地，虽然在地域上分布比较广，但是在管理上应该全国上下“一盘棋”，切忌“各自为战”，应做到统筹兼顾。只有全国制种基地统一起来，站在战略高度进行宏观把控才能更好地保证种业的发展，从源头上解决问题打破地方保护主义。各地应因地制宜制定相关政策法规进行辅助，这样一来，全国的制种基地就可以拧成一股绳，为民族种业推波助澜。应该看到，国家级制种基地是为了保证全国范围的用种安全而设立的，这些基地应该受到国家政策的支持和帮助。而很多地方也存在着为地方供种的小规模制种基地，为了农业用种安全，各地也应出台一些地方性政策以保护制种基地。
目前，很多用种大省自身不具备制种能力或制种量不能自给自足，这样一来，种子在流通过程中很容易出现问题。因此，加强基地建设，还必须建立基地管理与市场监管联动机制，让好基地生产出的好种子能顺利到达农民手中。
