澳大利亚农业种子行业总体来说，研发资金充裕，发展平稳，创新公司能够得到合理经济回报。分析澳大利亚政府对于种子行业的管理，可以发现政府抓住了种子行业的三个重要环节：种子基础科学研究、种子质量检验和保护育种公司权利。首先，巧安排基础科学研究资金。
如何保证充足的资金来源和资金如何合理安排，是影响种子基础科学研究的重要因素。澳大利亚的种业基础科学研究资金主要有两个来源：一是从农场主处收取的终点使用费（End Point Royalty，EPR），二是政府根据各类的“终点使用费”数量，提供的配套科研资金。
澳大利亚莫道克大学澳中小麦联合改良中心马武军教授说，“澳大利亚对于种子产业科研的政府支持是有力的。在澳大利亚联邦政府紧缩预算的背景下，许多科技研究项目即使有大牌科学家领衔，也拿不到政府资金，但小麦等种子的研究资金是很充足的。”
为了妥善高度科研资金，澳大利亚联邦政府成立了以下种子研发公司（RDCs）：粮食研发公司(www.grdc.com.au)、棉花研发公司(www.crdc.com.au)、农业行业研发公司(www.rirdc.gov.au )。
这些公司并不直接进行科学研究，而是利用其专业团队的能力，调度科研资金，把它们投入到有潜力的科研项目中，保证基础研究能令澳大利亚种业和更多产业受益。
其次，独立机构检验种子质量。
“澳大利亚种子行业拥有强大的质量管理体系，如果无法彻底消除，至少确保将作物不长或歉收的风险降到最低。总的来说，联邦农业部监督着这个自我监管的种子生产系统，并与各州农业部门保持广泛联系，确保全国监管一致”，澳大利亚农业部在回复记者的电子邮件中，颇为自豪地说，
种子检验是高品质种子的生产和营销中不可或缺的一环，它将播种的风险降到最低，因为这些种子可能无法生长为有用的作物。澳大利亚的种子检验工作最早由新南威尔士州农业部门确立，并与1909年在全澳实施。在检验制度设立方面，澳大利亚政府是在基本遵循国际标准的基础上，增加本国的需要。
澳大利亚是经合组织“种子方案”（Seed Scheme）的签约方、国际种子检验协会（ISTA）认证方案的指定机构（Designated Authority，DA），因此，对种子认可和检验承担国家责任（例如出口）。在与国际要求接轨的基本上，澳大利亚为用于本国和出口的种子制定了一套连贯的、全国适用的制度。该制度适用于澳大利亚所有的种子生产商，不管它们在哪个州运营。另外，种子生产商还必须保证遵守州、领地和联邦层面的所有其他相关法律。
在质量监管的操作层面，澳大利亚种子局（ASA）扮演了关键角色。澳大利亚种子局（ASA）成立于2002年，是国家指定机构（National Designated Authority，NDA），也是联邦农业部授权的独立机构，非营利机构。为了保证独立性，ASA的资金依靠独立筹资。除在ASA成立之初，联邦政府和一些州政府提供了创办资金外，ASA此后一直独立筹资，主要来源有服务费用、会员费和一些研发资金。
ASA在澳大利亚种业行业的要求下，实施澳大利亚种子认证方案，主要用来管理非出口（本国使用）种子。ASA的操作方法是：通过正式的授权协议向三家认证机构--澳大利亚种子服务机构（Seed Services Australia）、安硕（Asure Quality）和Agwest植物实验室（Agwest Plant Laboratories）发放许可证，允许三家机构从事种子认证的日常工作。为确保在执行种子认证项目时达到ASA的要求，每家种子认证机构的管理和记录系统必须达到并保持国家检验机构协会（National Association of Testing Authorities NATA）的鉴定水平。
值得注意的是，澳大利亚不仅对新品种种子进行检测，而且现有种子每隔6个月，也会根据法律规定被要求重新检测一次。这种作法的理由是，在出售之前，种子的存储方式和年龄长短会影响其最终产量。
第三，法律保障育种公司利益。
澳大利亚的《植物育种人权利法案》（PBR Act 1994）对育种公司给予了知识产权保护。育种公司可以向位于堪培拉的植物育种人权利办公室登记注册自己培育的新植物品种。注册后，意味着澳大利亚政府公开承认并授予育种公司这个品种新种子的所有权，育种公司享有营销该品种的排他性权利。法律禁止未经品种所有人同意就出售、以物换物或赠送已注册品种，或者未经授权进行商业化繁殖。
“终点使用费（EPR）”除部分用于支持种业基础科学研究外，另外一分部会成为有关育种公司的收入。收到农场主“终点使用费”的法理基础是，农场主是基础科学研究和育种新品种研发的收益者，因此需要支付费用。想要购买受到法案保护的种子品种，农场主需要签署合同，承诺在收获后申报作物生长的详细资料，并为出售、转让、交换或存留的粮食按吨支付使用费，也就是“终点使用费”。为了确保“终点使用费“收取及时、足额，收购粮食的公司向农场主支付购粮款时，会直接根据政府授权把“终点使用费”扣除下来，并通过固有机制转交政府和有关企业。
