相比之下，大型的玉米淀粉加工企业表现出较强的抵抗力，这主要因为，一方面大型企业一般自备电厂提供电力、蒸汽，有助于企业降低生产成本；另一方面大型企业同时具有下游深加工能力，这支撑了上游玉米淀粉的生产。目前，由于下游需求低迷，不少大型玉米淀粉企业出现了积压库存，有企业表示，一吨亏损在100元是可以忍受的，尽量保持生产的连续性。
玉米淀粉行业之所以陷入经营困境，除了环保压力增加成本之外，总结起来还有三点原因。
首先，玉米原料价格高企。连续多年收储，目前国家手中玉米库存过高，仅2014/2015年度玉米临储收购量就超过8200万吨，加上过去几年的临储和国储结转的库存，国家手中玉米库存超过1.5亿吨，基本满足了国内玉米一年需求量，巨大的玉米库存增加了农业财政支持同时也影响了市场玉米流通量。2014年二季度后由于玉米主要集中在国家手中，市场流通粮偏紧，玉米价格快速飙升，8月中山东地区玉米价格飙涨至2800-2850元/吨，较3月末上涨了500元/吨。过高的玉米价格，淀粉深加工行业承受巨大生产成本压力。
其次，资金压力明显增加。国内淀粉生产企业主要以民营企业为主，融资成本偏高，普遍年化融资成本超过8%。产品原料玉米具有明显的季节性，近两年国内玉米价格波动巨大，资金压力，企业很难在玉米价格偏低时，大量构建库存，玉米价格上涨时，又必须承担巨大的成本压力，甚至出现严重加工亏损。2014年1季度前，国内玉米价格持续走低，但企业因资金压力问题，无法构建大量库存，2-3季度国内玉米价格大幅飙涨，企业承受极大的亏损，一度出现吨玉米加工亏损达到150-200元，持续时间接近1个季度。
第三，下游需求不旺。淀粉下游行业产品主要为糖类，包括果葡糖浆、麦芽糖、葡萄糖(固态及液态)、糊精，统计局公布2012年固体糖和液体糖总量为1146万吨，消耗一半左右淀粉。
据资深研究员林国发介绍，目前淀粉下游产品——糖类已经出现产能过剩，2014年末全国果葡糖浆产能接近600万吨，2014年产量仅为300-320万吨，产能利用率仅为50-55%，葡萄糖、麦芽糖同样出现一定程度产能过剩，糊精产能与需求大体持平，可维持较高的开工率。醇类由于近年产能扩张，逐步出现产能过剩，由于国内玉米价格偏高导致价格偏高，出口量出现回落。氨酸类中的赖氨酸已经出现严重产能过剩，玉米价格偏高，国内赖氨酸生产成本居高不下，而国外产能偏高，使得氨酸类出口困难增加。化工中造纸行业近几年持续低迷不利于淀粉需求，食品加工行业肉类品和膨化食品需求增加放缓，均不利于淀粉行业需求。
针对玉米深加工行业的困境，业内认为可以考虑实施目标价格直补，政策考量时需平衡农民利益和深加工企业利益，同时解决企业融资难、贷款难问题。此外，鼓励企业使用期货等金融工具规避原料及产品价格波动风险，使用商品期货建立虚拟库存、对冲价格下行风险等。
