（三）市场化发展阶段（2000年至今）
2000年颁布实施的《中华人民共和国种子法》，为打破国有种子公司垄断经营，推动多元市场主体发育提供了法律保障，种业进入从计划体制向市场经济体制转型发展阶段。这一阶段有三个特点：一是种业生产经营由单一主体逐步向多元主体转变；二是种业发展由主要靠行政推动向政府推动加市场拉动转变；三是种子经营和管理体制全面实现政企、事企分开。在种子法的统领下，国务院及农业、林业部门先后制定出台了40多项配套法规和规章，全国25个省、区、市制订了地方性种子法规，形成了以种子法为核心的多层次的种业法律法规体系，我国种业发展进入了依法治种时期。
一是良种培育能力提高，植物新品种保护力度加大
种子法实施以来，我国大力推动农业种质资源库（圃）建设，长期保存各类农作物种质资源43.3万份，居世界第二位，收集野生植物种质资源5万余份，从国外引进种质资源2.3万多份，保护濒危物种59个；建成26种作物的100个国家农作物改良中心、46个国家重点实验室和59个国家工程技术研究中心；启动实施分子育种专项和36种作物产业技术体系创建，创制了1万多份具有应用价值的育种材料。
林业建立自然保护区2126处、面积18.4亿亩，约占国土面积的12.8%；建立森林公园2583处、面积2.52亿亩，对285万株珍稀古树名木进行挂牌保护；建立13个国家林木种质资源专项保存库和22个综合保存库，保存树种2000多种，保存林木种质资源5万余份。
培育推广了一批高产、优质、多抗、高效的主要农作物新品种。2011年以来，通过国家和省级审定的主要农作物品种21678个，其中国家级审定2244个，农作物良种覆盖率达到96%；通过审（认）定的林木良种5360个，主要造林树木良种使用率达到50%以上。
植物新品种权申请量年均增长40%，年申请量在国际植物新品种保护联盟成员中排名前4位。目前，农业已公布了9批、93种植物新品种保护名录，授予新品种权4018个，有效品种权2900件；林业已公布5批、198种植物新品种保护名录，授予新品种权658个。截至2013年，全国共受理植物育种发明专利申请8400多件。
育种科研队伍迅速发展。目前全国有450多家专业科研院所，5万多名专家和科技人员从事育种工作，其中与育种有关的两院院士25位。
二是种子企业实力增强，供种能力提升
种子企业在市场竞争中逐步成长。截至2014年底，全国有持证农作物种子经营企业5064家，其中“育繁推一体化”企业70多家（注册资本1亿元以上），种业前50强企业的经营额由2001年的30亿元提高到240亿元，市场占有率由10%提高到33%。国内种子市场销售额为780多亿元，是仅次于美国的第二大种子市场。在林木种苗方面，持证企业近8万家，种苗产业年产值2000多亿元。可喜的是，企业的创新能力快速提升，研发投入不断加大，2014年企业选育国审玉米、水稻品种分别占62%和48%。
目前我国农作物良种的商品供种率达到60%，能够满足农业生产240多亿斤常年用种量的需求。其中，杂交水稻和杂交玉米种子的商品供种率达到100%，全部实现了精选加工、统一包装和标牌销售。小麦已由过去的农民自留种发展到60%以上的商品供种率。
三是种业政企分开，政策保障体系初步建立
目前，全国农业种子管理机构2679家，90%的涉农县区都有种子管理机构，政企、事企全面分开。31个省、区、市和四个森工集团建立了林木种苗管理机构，1500多个县级林业行政主管部门设立了林木种苗管理机构。各级财政加大对种业发展的投入，扶持建设了一批农作物品种改良中心、繁育基地、质检中心和区域试验站。国家对种子企业实行税收优惠政策，免征增值税，实施良种补贴政策，设立种业专项资金或基金等，支持政策初具雏形。社会资本进入种业明显加快。种业国际化迈出新步伐，一些国内大型种企在东南亚、非洲、南美等地设立了28家公司。
可以说，在农林领域，种业是依法治理成效比较明显的产业之一。
二、我国种业发展面临的新挑战
与国外农业发达国家相比，我国农业竞争力先天不足，近些年又进入成本快速上升时期。加入世贸组织以来，我国农产品进口年均增长超过20%，进口额每3年翻一番，大宗农产品已是全面净进口，农产品进出口贸易逆差额逐年扩大。今后若干年，因人口增长和消费水平提高产生的农产品刚性需求扩大趋势不可逆转，因城镇化加速产生的耕地和水资源减少趋势不可逆转，因比较优势缺失产生的国内大宗农产品价格与国际市场价格差距扩大趋势不可逆转，因上述原因产生的农产品进口扩大趋势不可逆转。缓解“四个不可逆转”，关键看农业科技，农业科技关键看种业。
我国种业发展急需解决的几个主要问题：（一）育种科技创新体系
2011年5月9日，时任国务院副总理的回良玉同志在全国现代农作物种业工作会议上的讲话中，提出我国农作物品种选育存在“四多四少”问题，即：“我国商业化的种业科研体制机制尚未建立，产学研分割、育繁推脱节，育种方法、技术和模式落后，品种选育集成度低，成果评价及转化机制不完善，品种选育目标不适应生产需要。选育的品种多，但突破性的品种少，相当部分品种是低水平重复；通过审定的品种多，但较大面积种植的品种少，且品种名称混乱、一品多名和多品一名问题突出；高产品种多，但综合性状好、品质高、抗逆性和适应性强的品种少，不适应我国病虫多发、异常天气频发的趋势；适合人工劳动的品种多，但适合机械收割的品种少（特别是棉花、油菜等经济作物），不适应农村劳动力转移、农业机械化快速发展的新形势。同时，受生产方式、加工工艺设备和检测技术等因素影响，我国种子质量水平不高，种子活力差、发芽势弱、健康度低，导致出苗率低、携病带菌等问题”。我国60%以上的玉米品种亲本使用通用资源，低水平重复。
造成“四多四少”的原因是多方面的：一是投入和技术方面的原因。长期以来，我国80%的科研经费用于商业化育种，种质资源收集改良、育种方法、技术创新等基础性、前沿性研究投入不足，育种方法滞后。分子育种缺少成果验证和产业化转化环节，种质创新速度慢，制约着突破性大品种的选育。二是科研管理方面的原因。千军万马从事商业化育种，项目资源、材料资源和人才资源分散，难以集中优势资源攻关。绝大部分种子企业育种能力不足，科研基础薄弱。三是科研评价体系方面的原因。“重立项轻验收”、“重论文轻专利”、“重数量轻质量”的科研评价体系，不利于催生原创性成果。四是品种审定制度方面的原因。品种审定以产量标准为导向，品种同质化严重。品种审定标准、程序以及公平性、透明性、合理性等，都有待完善。一些地方反映，在品种审定中，有的将老品种当新品种审定，换个名称再审定，换个省区还审定；有的将同一品种多次审定或用其他品种冒牌、套牌，造成“一品多名”或“多品一名”；有的把他人的材料改换名称，抢先审定，侵害了原始品种所有人权益；有的钻审定程序的空子，通过控制品种进入市场的时间，搞权力寻租。在审定过程中，有的地方的一些工作人员利用审定资源紧缺搞权力寻租，违反了法律法规，也引起育种者的不满，必须严肃执法执规，纠正此类行为。
