3.完善植物新品种权保护制度
现行种子法对植物新品种保护作了原则性规定，经反复研究论证，修订草案新设“新品种保护”一章，以期在法律层面进一步强化植物新品种保护的关键性制度。
修订草案规范植物新品种保护的主要内容包括：明确植物新品种权的授予条件和原则；规范植物新品种的命名；明确完成育种的单位或个人对其授权品种享有排他独占权；规范植物新品种权保护的例外和强制许可情形。针对当前急需解决的现实问题，新增有关规定，主要包括：规定同一植物品种在申请新品种保护、品种审定或登记、销售、推广时只能使用一个名称；生产销售、推广种子应与申请新品种保护、品种审定或登记提供的样品相符；明确危害公共利益、生态环境的植物新品种不授予植物新品种权；明确强制许可的被许可人不享有独占实施权，无权允许他人实施；规范新颖性的丧失情形和特别规定。
为了加强对原始创新的激励和保护，解决我国目前存在的修饰性、模仿性品种多的问题，经多次听取专家和有关主管部门意见，修订草案引入国际上通行且行之有效的实质性派生品种概念（实质性派生品种是指由原始品种实质性派生，或者由实质性派生品种再次派生出的品种；实质性派生品种与原始品种相比，除了因派生行为导致的性状明显差异外，其余性状与原始品种的基因类型或者基因型组合决定的性状保持一致），明确实质性派生品种可以申请新品种权，可以获得授权，但在进行商业化应用时需征得原始新品种权所有人同意；授权国务院农业、林业行政主管部门分别确定实质性派生品种的植物种类、判定标准及实施起始时间。这种制度安排，目的是保护原始创新。自1999年我国开始植物新品种授权以来，有1.2万个品种提出申请，授权4676个，其中修饰性、模仿性品种较多，同质化问题突出。实质性派生品种管理制度缺失，直接影响育种人从事原始创新的积极性。原始创新人花费数年乃至数十年培育的品种或繁殖材料，被别人私自利用或者进行个别性状的简单修饰模仿后，就堂而皇之地申请保护并销售推广，这对原始创新是致命性打击。如果对这种利用技术手段投机取巧、变相剽窃的行为视而不见，我国种业原始创新动力将会消磨殆尽，后果十分严重，必将进一步拉大我国与种业发达国家的差距。
近年来生物技术和分子育种快速发展，通过体细胞克隆、基因导入等方式培育派生品种，对完善植物新品种保护制度提出了新要求。引入生物育种技术，对诚实守信的育种人来说，有助于提高育种水平。但对不诚实守信的育种人来说，又可能将新技术变成剽窃别人成果的手段。如何界定，这是一个专业性很强的问题，国外立法对如何判定也是多种方式，因此，修订草案对判定标准作出了授权性规定。为避免国外拥有强大研发能力的种子企业利用技术优势强化自身利益保护，草案将实质性派生品种的保护范围、判定标准和实施时间交由国务院农业、林业行政主管部门分别确定，既是授权性规定，也是有较大操作空间的规定，同时留出了过渡期。
种子法修订草案将植物新品种保护作为一章处理，是经过充分论证且慎重考虑的，符合党的十八届四中全会提出的“完善知识产权保护制度”和2015年中央一号文件关于“加强农业知识产权法律保护”的要求。第一，增加专章是现阶段构建我国知识产权保护法律制度的现实选择。植物新品种权是知识产权的重要组成部分，在我国知识产权保护领域，已先后制定了着作权法、专利法、商标法，而对于植物新品种权只有行政法规规定，立法明显滞后于其他知识产权保护领域。在植物新品种保护立法分歧较大、难以提上日程的情况下，将植物新品种保护的关键性制度通过种子法专章规定，节约了立法资源，提高了立法效率，也符合民事制度需由法律规范的要求。第二，种子管理与植物新品种保护同法规定也有成功范例。作为国际植物新品种保护联盟发起国的荷兰，1966年制定了《种子和植物繁殖材料法》，为提升其种子产业竞争力提供了法律保障。目前，荷兰申请植物新品种保护的总数居世界第一位，是世界第二大农产品净出口国，种子、种苗出口额占世界的24%。在生态条件与我国相近的东亚国家，如日本、韩国以及我国的台湾地区，也是将种子管理与植物新品种保护合并处理。第三，专章规定有利于统一执法和管理。品种审定属于行政管理行为，目的在于确保新品种的农艺和经济性状具有推广价值；植物新品种权保护属于民事行为，是经过依法申请与审核，赋予权利人为商业目的的生产销售授权品种的独占权。尽管两者法律性质不同，但管理链条是相互衔接的，进入市场销售推广的审定品种，如果是授权保护的植物新品种，二者的关系就如同一枚硬币的正反面，有统一的测试流程、统一的测试机构、统一的执法主体，两者的区别是，前者是行政保护，后者是民事保护。
如果植物新品种保护以后能够通过专门立法规范，与种子法修订草案的规定也不矛盾。种子法只是对与种业管理制度联系密切且与植物新品保护切割不开的内容作了衔接性规定。这种处理方式，立法中比比皆是。同是规范农村土地承包经营，作为民法的物权法、农村土地承包法有规定，作为行政法的土地管理法也有规定，作为诉讼与非诉讼程序法的农村土地承包经营纠纷调解仲裁法也有规定。不少法律之所以如此处理，是考虑了法律所设制度的完整性和周延性。在美国，规范植物新品种保护的法律，就有联邦种子法、植物品种保护法、植物专利法、信息自由法和商业秘密法等。
4.完善品种审定、登记制度
品种审定是种子法修改中科研机构和种子企业普遍关心的问题。修订草案完善了主要农作物和主要林木品种审定制度，主要内容包括：缩小主要农作物品种审定范围，取消现行种子法关于国务院和省级人民政府农业行政主管部门可以分别确定一至二种主要农作物品种的规定，需要审定的主要农作物品种由目前的28种减少到5种，大大减少了行政审批事项。将品种的特异性、一致性、稳定性测试作为品种审定的依据；规定制定审定标准应充分听取育种者、用种者、生产经营者和行业代表的意见；建立包括申请文件、审定试验数据、种子样品、专家个人审定意见和审定结论等内容的审定档案制度，规范和约束审定机关权力行使。对经认定的“育繁推一体化”种子企业实行“绿色通道”，允许其对自主研发品种自行完成试验，但企业应对试验数据真实性负责，并建立试验数据可追溯制度，以减轻国家和省级审定压力，提高审定效率；约束品种测试、试验数据造假行为，加大处罚力度，规定取消测试、试验资格的情形；规范通过审定的主要农作物和主要林木品种的引种行为。
目前，对非主要农作物品种不审定、不登记，管理处于空白，市场处于无序状态。一些进入市场的蔬菜、花卉等品种或者没有名称，或者标签标识混乱，同种异名、同名异种情况交织，用种者无法判断品种真假，受到损失追索赔偿取证困难。同时，新品种在进入市场前未能通过规范程序保存标准样品，极易造成珍贵物种流失。针对这些问题，国务院农业行政主管部门提出，应建立非主要农作物品种登记制度，该制度的主要内容包括：明确由国务院农业行政主管部门发布需要登记的品种目录，建立全国统一的登记平台，列入目录的品种在推广前应当申请登记；明确省级政府农业行政主管部门负责登记受理工作；明确登记的内容、程序、办法，包括种子来源、特性、育种过程，品种的特异性、一致性、稳定性和抗性测试报告等；明确登记申请者对申请文件和种子样品的真实性负责；明确一个品种只能在一地申请登记的原则。将登记放在省级，是按照有关逐步下放行政审批事项的要求，为了方便申请者；建立全国统一的信息监管平台，是为了遏制一品多名、多品一名和冒牌套牌等侵权行为；一个品种只能在一地登记，是为了保证品种名称的唯一性，便于用种者识别，避免市场混乱，在一地登记也不影响在其他地区经营、推广。种子是特殊商品，种子安全涉及国家粮食安全、生物安全和食品安全。按照行政许可法关于“直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动”可以设定行政许可的规定，将非主要农作物品种登记纳入行政许可范围是必要的。
对品种的市场准入管理，国际上做法有异，本质相同。美国建立标签真实性管理和种子质量认证制度，种子企业为了能够在市场竞争中生存发展，都组织严格的品种试验和测试，因为任何不真实的试验数据和测试记录、种子标签、虚假广告等，都会受到处罚直至追究刑事责任。欧盟国家实施强制性品种登记和强制性质量认证制度，一个品种只有经过登记并进行强制性质量认证后，才能进入市场销售、推广。我国目前已实施的品种审定制度属事前监管（欧盟国家的品种登记即我国目前的品种审定），拟设定的品种登记侧重事后监管，宽进严管（类似于欧盟、美国的注册制）。品种审定与品种登记的区别是，前者是由管理部门统一对品种的特异性、一致性和稳定性（DUS）以及农艺性状（VCU）组织测试，合格后发给通行证；后者是由育种者自行或委托专门机构完成测试，测试结果要经过管理部门形式上认可方可绿灯放行。
