5.完善种子生产经营许可和质量管理制度
一是关于生产经营许可。现行种子法将种子生产和经营作为两个环节分开管理，不利于“育繁推一体化”种子企业的形成，也不利于加强对种子生产数量和质量的源头控制。为此，修订草案将原法“种子生产”、“种子经营”、“种子使用”合并为“种子生产经营”一章，将种子生产许可证和种子经营许可证合并为种子生产经营许可证；完善种子生产经营许可证分级审批制度，将“育繁推一体化”种子企业的种子生产经营许可证由国务院行政主管部门核发，下放由省级政府主管部门核发；明确将具有无检疫性有害生物的种子生产地点作为申请种子生产经营许的条件；规范种子生产经营许可证的载明事项，许可证应载明生产经营者名称、地址、法定代表人名称等，明确载明事项变更的应在30日之内向原核发机关申请变更登记，禁止转让种子生产经营许可证；完善种子生产经营档案管理制度，明确生产经营档案的具体载明事项及种子样品保存期限由国务院农业、林业行政主管部门规定；明确“育繁推一体化”企业生产经营许可证的有效区域为全国；明确销售种子应当符合国家或者行业标准，附有标签和使用说明，建立标签和使用说明的真实性原则；规范种子标签的载明事项，应标注种子品种审定或登记编号、生产经营者及注册地、种子生产经营许可证信息代码等，明确销售授予植物新品种权的种子的，必须标注植物新品种权号。修订草案将种子生产和经营许可证两证合一，下放“育繁推一体化”企业种子生产经营许可证审批权限，符合党的十八大和十八届三中全会关于深化行政审批制度改革的精神，有利于降低行政管理成本和种子生产经营成本。
二是关于种子质量管理。为规范种子质量监管行为，加大种子质量监管力度，修订草案将原法“种子质量”、“种子行政管理”合并为“种子监督管理”一章，在种子质量检验、行业自律管理、信息发布及监管等方面作了完善，主要包括：授权国务院农业、林业行政主管部门制定种子质量检验办法；将没有标签的种子认定为假种子；规定种子生产经营者依法自愿成立种子行业协会，明确种子协会的服务职能；禁止在种子生产基地从事检疫性有害生物接种试验；建立统一的种业信息发布平台、监管平台和植物品种标准样品库，明确省级以上政府农业、林业行政主管部门建立品种审定、登记、植物新品种保护、生产经营许可、市场监管等种业信息发布制度。我国自上世纪90年代开始，开展了种子质量认证试点，积累了一定的经验。考虑到修订草案实行品种审定或登记等约束力较强的强制性制度，草案规定了种子认证实行自愿原则，种子生产经营者可自愿向具有资质的认证机构申请，经认证合格的可在包装上使用认证标识。通过质量认证的种子，与未经质量认证的种子相比，前者的可信度高。
三是关于品种退出。现行种子法对于种植多年后不再适宜生产，需要退出的种子品种没有退出规定，各级农业、林业行政主管部门虽然确定了一批不宜种植的品种，但由于没有法律支持，对于继续销售已退出品种种子的行为无法有效监管。为此，修订草案建立了强制性品种退出制度，规定审定通过的农作物和林木品种出现不可克服的严重缺陷不宜继续经营、推广的，经原审定委员会审核确认后，由原公告部门发布公告，停止经营、推广。
四是关于特许经营备案。现行种子法规定对农民个人自繁自用的常规种子在集贸市场出售、串换，以及经营不再分装的包装种子、委托销售、设立分支机构等四种情况可以不办理许可证，这使得一些违法经营行为很难界定，增加了种子管理的难度。在征求意见过程中，各地普遍提出应删除农民个人在集贸市场上出售、串换自繁自用剩余种子不需办理许可证的规定，加强对其他三类许可的备案管理。为此，修订草案取消了允许农民将自繁自用剩余常规种子进行出售的规定，但为了满足一些地方农民交换种子的实际需要，保留了允许农民串换的规定。同时，草案对经营不再分装的包装种子、委托销售、设立分支机构三种情形，完善了备案制度，要求种子生产经营者在办理、变更营业执照或者获得书面委托后，应及时向县级政府农业、林业行政主管部门备案。
6.完善种业安全审查评估制度
现行种子法仅对外资进入种子生产经营领域进行了规范，在征求意见过程中，种子种苗管理部门、种子企业、科研机构等都普遍对外资大规模进入威胁我国种业安全表示担忧，提出应对外资进入育种、科研领域以及企业并购行为等进行法律约束，保护我国种子产业安全。为此，修订草案完善了种业安全审查评估制度，主要包括：建立种业安全审查机制，规范国内种子企业、科研机构与外国人、外国企业或外国其他组织开展的技术合作，从事品种研发，以及外资投资或并购境内种子企业的安全审查工作；规范种质资源的进出口和国际交流合作，与境外开展种子资源合作研究利用，应当经国务院农业、林业行政主管部门批准，避免种质资源及利益流失；规定外商投资种子企业的生产经营许可证由省级农业、林业行政主管部门审核，国务院农业、林业行政主管部门核发。
修订草案关于完善种业安全审查评估机制的规定，将党中央提出的“把13亿人口的饭碗牢牢端在自己手中”和国务院关于关系国家安全的重要农产品需进行并购安全审查的规定上升为法律规范，有利于防止特有种质资源和先进育种技术流失，避免我国主要农作物种子市场被外资控制，确保国内种业安全和粮食安全。
7.完善转基因品种监管制度
转基因问题是社会关注的一个热点问题。一方面转基因技术需要发展，另一方面消费者对于转基因食品的安全性存有一些疑虑。现行种子法对转基因品种管理已有规定，要求“转基因植物品种的选育、试验、审定和推广应当进行安全性评价，并采取严格的安全控制措施”。在草案起草中，有关行政主管部门提出，应进一步加强对转基因品种生产经营的风险控制，建议增加对从事转基因植物种子生产经营企业许可证的管理。为此，草案规定从事转基因植物种子生产经营的企业，其生产经营许可证由国务院行政主管部门核发。为了回应消费者对农业转基因生物产品的疑虑，草案增加了由国务院农业、林业行政主管部门“加强跟踪监管”和“及时公告有关转基因植物品种审定和推广的信息”的规定，尊重和保障公众的知情权。
8.完善种子执法制度
现行种子法规定，农业、林业行政主管部门是种子行政主管机关，但未明确其所属的种子管理机构的法律地位，目前林业部门由种子种苗管理机构执法，农业方面有的地方由种子管理机构执法，有的地方由农业综合执法机构执法，也有的地方由种子管理机构和农业综合执法机构联合执法等。为此，修订草案完善了种子执法体系和执法手段，主要包括：明确农业、林业行政主管部门所属的综合执法机构或者农业、林业行政主管部门委托的种子管理机构，有权开展种子执法工作；农业、林业行政主管部门在在执法中可以进入生产经营场所进行现场检查，对种子取样测试、试验或者检验，查阅、复制相关合同、票据、账薄、生产经营档案等有关材料，可以采取查封、扣押等行政强制措施。
作出上述规定的理由：首先，明确综合执法机构的执法主体地位，符合党的十八届三中全会提出的“整合执法主体，相对集中执法权，推进综合执法”改革精神，与农业法关于“实行综合执法，提高执法效率和水平”的规定一致。其次，委托种子管理机构进行执法符合行政处罚法的有关规定。行政处罚法规定，行政机关依照法律、法规或者规章的规定，可以在其法定权限内委托符合条件的组织实施行政处罚。种子管理机构在执法中，以农业、林业行政主管部门的名义行使行政处罚权，其行为后果由行政主管部门承担。第三，委托执法与综合执法并不矛盾，可以有效解决行政部门“权责不匹配”和种子管理机构“有责无名份”问题。目前，全国有25个省制定了种子法实施细则，其中14个省授权种子管理机构、11个省委托种子管理机构行使相应的行政处罚权。地方从实际出发作出了规定，修订上位法时，合理的就要采纳。第四，通过委托方式明确种子管理机构的执法地位，有利于综合执法机构和种子管理机构整合力量，增强执法力量。对此，各方面的意见是一致的，特别是农业、林业部门从事种子种苗管理的执法人员，倍受鼓舞，认为有这一条规定，使他们的执法工作有了法律依据。
