通知指出，产业化经营项目由省级农发机构组织项目申报和审核批复，并及时报国家农发办备案。国家农发办不再组织专家进行抽查审核和文件核准。对备案材料不齐全或不符合要求的，将告知相关省级农发机构补正有关材料。2016年起，各省不再编制产业化经营项目年度滚动计划。 通知强调，单个财政补助项目的财政资金申请额度不高于自筹资金额度，单个贷款贴息项目的贷款额度一般不高于1亿元人民币。各类资金投入比例，具体包括财政补助与贷款贴息的比例、财政补助中用于龙头企业和其他新型农业经营主体的比例、两类试点项目与一般项目的比例、贷款贴息中用于固定资产贷款贴息与流动资金贷款贴息的比例等，由各省根据实际情况自行确定。
通知要求，有条件的省份可积极探索采取财政股权投资基金等投入方式，扶持农业产业化发展。 有分析认为，国家财政采取股权投资基金的方式扶持农业产业化，意味着涉农企业可以获得一笔不急于偿还的资金，通过定期分红的方式回馈财政即可。此项改革使得资产处置方式更加多样化，且减轻了企业负担。
根据通知，在工商部门注册1年以上、具备可持续经营能力的龙头企业和农民合作社，均可申报产业化经营项目。取消企业所需原材料的70%以上来自企业注册地、两年连续盈利、资产负债率、银行信用等级、“三不欠”、固定资产净值等的规定。同时，经有权部门认定或登记的专业大户、家庭农场、社会化服务组织等新型农业经营主体，也可纳入产业化经营项目扶持范围，不受独立法人资格条件的限制。
通知表示，鼓励部分财政资金的投入由农民或农民通过合作社对龙头企业持股。鼓励各省实行产业化经营项目县级竞争选项制度。鼓励各省实行财政补助项目资金“先建后补”的管理方式。取消对上市公司申请财政资金扶持的限制。对于在异地建设生产基地的农业产业化龙头企业，允许在项目所在地申报产业化经营项目。
