我国是农业大国，农业一直都是我国的重中之重，为保护国内土壤资源，政府提出了化肥施用“零增长”计划，尤其为解决土地肥效流失的问题，有机肥在此计划中将占据不可或缺的位置。
当前有机肥行业在政府的号召下蓬勃发展，进入到稳步上升时期，但也存在着一系列迫切需要解决的问题，如行业标准度不高、品牌繁多和企业间竞争激烈等。
首先，自身方面。目前技术型高端人才较短缺，产品基本没有什么差异化，同时生产的准入门槛较低，而市场监管力度不够，配套行业的相关监管制度也并未跟上。另外，企业所选原料和其产品质量参差不齐，往往价格差异较大，甚至有时肥料的质量也无法保证。
其次，下游对有机肥料的认识不到位。近年来市场过于重视作物产量和农业产值，只要产量和产值得到提高，不管土壤肥力是否衰退、环境是否污染。有机肥虽称之为肥料，但其肥力并不直接针对于作物，而是提高土壤有机质含量。即便是有机无机复混肥料，相对于化肥而言肥效也嫌缓慢，而且养分含量低。因此，以提高产量为基本生产要求的农民，大多都选择施用高含量的复合肥，对土地预期较低或经济附加值不高的作物，施用有机肥的兴趣更是欠缺。
再次，有机肥的销售渠道较为单一。目前有机肥主要针对的客户群多为大型农业合作社，而基层市场的品牌效应尚未建立，换句话来说下游市场需求面较窄，走货渠道比较单一，若单一市场需求断裂，将会给企业带来不可估量的损失。需求的寡头是当前有机肥行业不得不谨慎思考的一个重要问题。
最后，有机肥价位调整周期过长。因下游市场需求十分平缓，多数有机肥企业在原料价格无重大变更的情况下，基本上在一到两年才调整一次价格，虽然有利于稳定有机肥市场，但却缺乏了传统肥料对于季节的敏感性，相对稳定不变的价格有时反而制约有机肥的走货。
首先要充分认识有机肥在保障国家粮食安全尤其是促进农业可持续发展方面的重要意义，引导和鼓励社会各界积极参与有机肥资源的开发和利用。其次要建立健全有机肥行业进入的审核制度，并加大上游原料的可持续性监管，尽快制定出有机肥的各种新的国家标准。第三，加大新产品的研发和技术推广，增大宣传力度，令下游市场提高对有机肥的肥效的认知度，逐渐建立多元化的销售渠道。最后，结合国内有机肥资源种类、各省市土壤养分含量的分布，做出相对应的辅料调节，在测土配方施肥上做好文章，从土质需求的根本来考虑，在国内有代表的土质区域建立有机肥示范区域，提高产品知名度。
在国内化肥用量“零增长”政策趋势的导向下，有机肥行业的关注度注定会不断增加。按照当前国土资源统计，国内有机肥需求约为2000万吨/年，但目前国内正品有机肥产能却远不及此数字，在政策利好的拉动下，有机肥行业向好趋势十分明显。
