自从国有商业银行退出农村地区以后，农村地区只剩下农村信用社和邮政储蓄银行，经济增长潜力巨大的农村地区金融供给极度缺乏，农村经济主体融资困难。2006年12月20日，中国银监会发布《关于调整放宽农村地区银行业金融机构准入政策，更好支持社会主义新农村建设的若干意见》（以下简称《意见》），提出农村金融改革试点方案，对于吸引民资进入银行业，缓解竞争不充分，增加农村地区金融供给，有序引导农村资金流动到生产领域，改善农村金融生态产生了深远的影响。其中，启动村镇银行的试点工作，是现有体制下增量改革，盘活农村经济，促进农村地区产业结构调整，最终落实到农民增收上的重要举措。
村镇银行的产权结构
《意见》规定，村镇银行应采取发起方式设立，且应有1家以上（含1家）境内银行业金融机构作为发起人。单一境内银行业金融机构持股比例不得低于20%，单一自然人持股比例、单一其他非银行企业法人及其关联方合计持股比例不得超过10%。由此可见，在村镇银行发展初期，在承认产权多元化的同时又严格限制了村镇银行的股权比例，使得主发起行处于控股地位。
2007年1月30日，银监会发布《村镇银行管理暂行规定》（以下简称《暂行规定》），其中第三章明确规定了村镇银行的股权设置和股东资格。第25条重申，村镇银行最大股东或者唯一股东必须是银行业金融机构。
银行业金融机构在经营管理、技术支持、产品设计、人才储备方面固然具有优势，但过分强调主发起行的地位，会产生新的垄断，不利于竞争。另外，这种产权结构使得很多村镇银行沦为主发起行的分支行，失去了独立法人所应有的功能，更是受发起行经营目标的影响，成为实现发起行总体目标的一个组成部分，违背村镇银行最初设立时服务农村、扶植农业、助力小微企业的初衷。同时，由于主发起行的目标是多元化的经营策略以及抢占农村金融市场，而中小股东更注重通过投资入股涉足银行业，实现资本的增值，但结果却是他们只有产权，没有治权，失去参股村镇银行的积极性，一度出现一些民间资本退出村镇银行的情况。
村镇银行的治理结构
《暂行规定》明确指出，村镇银行的组织机构及其职责应按照《中华人民共和国公司法》的相关规定执行，并在其章程中明确。众所周知，公司治理是一种对公司进行管理和控制的体系，是指由所有者、董事会和高级管理者所组成的一种组织结构，是所有权与经营权基于信托关系而形成的相互制衡关系的结构性制度安排。
在内部治理方面，我国现有村镇银行基本上都是发起行控股，发起行所占股份至少51%，有些甚至是100%控股。在这种情况下，公司治理的优势表现不出来，因为村镇银行的管理层基本上由主发起行指派，事实上形成内部人控制，不利于公司治理和相互制衡，而且广大中小股东的利益没有被关注，更谈不上其他利益相关者的诉求。
在外部治理方面，我国试点村镇银行的初衷是增加农村地区金融供给，缓解金融抑制，改善金融生态，促进农业产业结构调整，增加农民收入。而村镇银行作为独立的经济法人机构，追求自身的效益最大化，履行国家所规定的社会责任的动力不足。主发起行的一股独大，缺乏成熟的职业经理人市场，中小股东在管理中缺位，村镇银行的产品创新不足等，都导致了外部监督和治理不完善。
对村镇银行产权结构和治理机制的改革路径
放宽民间资本进入村镇银行的门槛，增加民间资本在村镇银行的股权份额。2012年5月26日，中国银监会发布了《关于鼓励和引导民间资本进入银行业的实施意见》（银监发［2012］27号），提出“支持民间资本与其他资本按同等条件进入银行业”，并为民间资本进入银行业创造良好环境；“支持民营企业参与村镇银行发起设立或增资扩股，村镇银行主发起行的持股比例由20%降低为15%”。虽然做了一系列规定，但现实情况是，民营资本还不能发起设立村镇银行，这极大地降低了民营资本参股村镇银行的积极性。
建立包括利益相关者在内的共同治理机制。现在的村镇银行绝大多数由发起行控制，治理机制也使村镇银行沦为发起行的分支机构，这样既不能保证村镇银行服务“三农”的目标，也不能保证中小股东追求资本增值的目标，同时还不能保证治理效率。应该寻求建立包括中小股东、管理者及储户在内的利益相关者共同治理的机制，至少保障出资人和利益相关者共同利益的实现，然后通过宏观政策引导村镇银行服务于惠农支农、服务小微的目标。
在财税政策上支持保障村镇银行服务“三农”。现阶段，村镇银行在财税制度上没有优势。从国家层面上，应该对初设村镇银行减免营业税和所得税。从地方层面上，应该给予村镇银行力所能及的财力和物力上的支持。人民银行应该给予村镇银行相应的支持，使其与农村信用社享受相同的待遇，享受支农再贷款的优惠政策，降低村镇银行的存款准备金率，降低村镇银行接入人民银行支付结算系统的成本等。
建立存款保险制度为村镇银行的社会信誉保驾护航。在我国隐性存款保险制度背景下，村镇银行社会公信力低，吸储困难，直接影响到村镇银行服务“三农”目标的实现。应为村镇银行建立存款保险制度，避免农村储蓄资金外流，为农村经济服务。也可以考虑通过建立村镇银行存款保险制度，为我国显性存款保险制度试点，为未来民营银行发展探路。
