为实现畜禽养殖废弃物资源化、无害化处理，东营市积极实施有机肥生产加工，实现资源循环利用。截至目前。已建成并投用的有机肥厂包括福可得生物有机肥厂、山东兴田肥业有限公司、胜大奶牛场有机肥生产基地、东营沃源肥业有限公司、东营市升茂肥料有限责任公司等，辐射半径基本涵盖了大部分规模化养殖场及养殖专业户。
东营市高度重视农业源污染减排工作。截至2014年底，全市农业源化学需氧量、氨氮分别累计削减12%和10%。
东营市充分发挥全市幅员辽阔的优势，大力实施种养一体化。东营神舟澳亚现代牧场有限公司是全市大型规模化奶牛养殖场之一，年存栏量为1.5万头。公司内部建有沼气发电项目，牧场周边还配套建有4万亩紫花苜蓿基地。用奶牛场的沼液喷灌施有机肥，种植苜蓿，苜蓿长势好、产量高。利用苜蓿制作出上乘的青贮饲料，来喂养奶牛，奶牛产奶量高、品质好，实现了种养结合，资源高效循环利用。
根据各地区养殖专业户的分布情况及养殖种类和数量，东营市合理布局，大力推进防雨防渗储粪场及污水尿液有机肥储存池、沼气池等集中治污设施项目建设。指定专用车定期向各养殖户收集畜禽粪便进行堆肥发酵，沼渣送到附近有机肥厂进行加工处理生产有机肥，有效地解决了农村畜禽粪便污染环境问题。
