我国为了化肥行业能更好的适应现代农业的发展，达到节肥、增产的目的，在九月份实行了化肥征收增值税政策。在化肥产能过剩、产品过剩，行业举步维艰的市场背景下，增值税的出台无疑令全行业的运营困难重重。尽管相关负责人解释增值税为流转税，理论上不会对企业造成影响，但是与生产企业比较而言，流通企业如何转嫁增值税而不影响自身的成本运营成为一道必须要面对的严峻课题。与此同时，电商所带来的巨大冲击也为流通环节的企业敲响了警钟，转型升级势在必行。
继化肥相关优惠政策陆续调整和取消后，化肥增值税的恢复无疑是对现行产业运营的又一冲击。中国农资流通协会副会长张永埔提到增值税的问题，意识到这一政策的出台预示着化肥已经开始从特殊商品转为重要商品，再由重要商品向普通商品转变。增值税的恢复从宏观角度看，可能对我国化肥的进出口平衡产生一定影响，从国内市场来看加大了经营成本，使本来微利的化肥行业收益下降甚至无利可图。
目前市场有声音认为，农资产业已经到了最急迫的阶段。首先，由于增值税不允许抵扣途中运输成本、下站费用、财务费用不能计入成本抵扣，所以经营环节毛利收窄。第二，增值税对于生产企业来说没有太大影响，首先它可以计入成本，其次可以抵扣，无论多少的增值税都可以转嫁给流通环节，而流通环节需要转嫁给农民，否则就要自己消化。第三，增值税是以票制税，基层市场的经销商和夫妻店及一些私营企业将会实行比较灵活的征税办法。张永埔进而分析了更深层次的影响。
首先，增值税出台后，有可能使流通环节的经营额下降，而且是大幅度下降。增值税是每一次经营都要缴税，所以环节越少缴税越少。譬如生产企业将化肥销售给省公司，省公司将会直接对接基层，从中减少市公司、子公司等环节。取消若干环节后，就等于减少了销售额，经营额就会下降。所以增值税的出台将会改变现行化肥的经营模式、管理模式、经营格局，甚至经营理念都会改变。
其次，增值税的出台对行业影响，因为政策带有一定的普遍性，市场上的主体都要遵守制定的规则运行，从业者需要从心态上进行调整。增值税出台后国家特别是税务部门还有一些必要的辅助的措施。
第三，伴随增值税的恢复，行业特别是流通企业需要研究转型升级的问题。
