“猪重要经济性状的功能基因组学研究”课题启动以来，课题组针对我国养猪业的可持续发展对功能基因组学新成果、新技术的战略性需求，以生长、肉质、抗病等性状进行功能基因组学解析、猪大规模突变品系的创建等为重点研究内容，完成了超过2000头猪不同性状测定数据的收集，并完成了荣昌猪、藏猪等20多个我国地方猪种的基因组（重）测序工作。通过数据分析，课题组鉴定出了在不同猪种中受选择的区域或基因，基于藏猪的基因组测序分析揭示出藏猪特殊环境适应性进化的组学机制，相关研究成果在国际知名期刊NatureGenetics上发表。同时，课题组选用piggyBac转座子载体pZG，将pZG质粒和pCAG-4PB-ineo质粒共同电转并进行流式分选GFP阳性细胞作为供体，获得了pZG阳性猪和健康的pCAG-4PB-ineo转基因猪，创建了piggyBac转基因突变猪新材料。该方法被证明是实现高效、简便、低成本的猪规模化基因突变的有效途径，将极大地促进家畜育种及医学新药的发展。
中期检查专家组认为，经过两年多的研究，“猪重要经济性状的功能基因组学研究”课题组在猪功能基因组学研究工具与平台完善、猪基因组结构解析及生长、肉质等经济性状组学解析方面取得了较大进展，对实现我国动物育种重大理论和关键技术突破，提高我国猪功能基因组研究水平和自主创新能力具有重要的现实意义。
