长期过度使用化肥，已经造成中国许多农田的土壤板结，施肥的效果下降，最终又带来产品的品质下降，这直接表现为产品的口感差了。因此许多人抱怨“蔬菜没有从前的味道好了”。
为了克服使用化肥的诸多负面影响，中国科学家正在研究用菌肥代替化肥。云南省环境科学研究所科技产业部主任张涛说，他们与清华大学合作，把一些细菌经过技术处理后使之成为能够固化土壤、保持营养物质的生物细菌肥料。这种菌肥不会像传统化肥那样给环境带来污染，而且可以为植物提供均衡全面的营养，使植物长得更健壮，品质明显改善，病虫害发生的概率也大为降低。生物菌肥是将农作物的秸秆剁碎后放入发酵池中，加进菌种，经过与牲畜、人的粪便混合发酵后取出来施到田里。这些细菌能够较好地固化空气和土壤中的氮，同时具有分解磷和钾的特性。氮磷钾是植物生长必需的营养物质也是污染水源的主要物质，经过分解后的氮磷钾对水的污染会降得很低。
