重庆是我国重要的中药材产区，其湿润的气候，复杂的地形地貌，形成了重庆复杂多样的生态环境，有利于多种生物共存，造就了重庆丰富的药用植物资源。除主城及潼南外，全市各区县均有中药材种植。重庆现有中药种质资源5832种，其中，属重庆道地药材和大宗传统药材30多种。
据介绍，重庆的中药材产区主要分布在三峡库区及大巴山区、武陵山区、渝中部低山区，而渝西丘陵区较少。尤其是大巴山、武陵山等中低山区，因为地势起伏大，坡度陡，四季分明，季差大，日温差大，雨量充沛但分布不均，植被生态垂直差异大，药用植物资源十分丰富，所产中药材品质较高，著名的有巫溪、巫山的天麻、党参，开县的木香，城口的太白贝母，石柱的黄连，酉阳的青蒿，秀山的金银花等。
《重庆优质土特产地图(中药材篇)》，重点标注了18种重庆产量较大、品质较高的中药材。以下为重庆部分优质中药材：
开县的地理环境非常的适合云木香的生长，该县木香种植面积产量约占全国木香总产量的70%，年产量为5500多吨，占全国总产量的68.75%。所以，开县是我国云木香产量最大的县，也是木香产量最大的县。
黄连为毛茛科黄连属植物，药材商品为“味连”，系常用名贵中药，石柱县是黄莲的原始产区、中国黄莲之乡，所产因品质优良，被确定为“国药”“地道黄莲”。石柱黄连产量已占到全世界的40%，同时，这里有全国惟一的黄连交易市场，黄连不仅热销全国，还“飘香”到日本、马来西亚、新加坡等50多个国家和地区。
