畜禽养殖污染已成为我国农业污染首要来源。据资料，我国年出栏生猪约7亿头，产生粪污20亿吨。奶牛产业粪污12亿吨，目前90%以上的废弃物面临处理困难的问题，不少猪场也因此面临拆迁压力，如福建省闽江流域因猪场水质排放严重不达标，去年以来已拆迁5万个猪场，削减生猪存栏463万头。
农业部副部长张桃林表示，现在规模化养殖的速度比较快，500头以上的猪场，可以达到40%左右。规模化养殖如果处置不当，或者配套设施跟不上，甚至可能会产生环境事件，因此农业部提出75%以上的规模化养殖场要配套建设废弃物贮存处理利用设施。在多方压力下，完善废弃物处理体系已是养殖业的刚性需求。
环保配套设施有待完善
广东省近年来生猪出栏量徘徊在3600-3800万头，肉禽出栏量占我国总出栏量的10%左右，减排压力巨大。华南农业大学家畜生态研究室吴银宝介绍，在广东省受理的畜禽养殖污染投诉中，涉及养猪场的占82.35%，而中小规模猪场按投诉类别，涉及废水污染的投诉占87.50%，涉及废气污染的投诉占 62.50%，涉及固体废弃物污染的投诉占37.50%。
多数养殖企业已在自行探索污水减排措施，不断更新污水处理设施。但吴银宝指出，在养殖业行业，从事废弃物管理的专业技术人员还是很缺乏，“为什么曝气时会出现很多泡沫？如何处理？有的人说打气效果很好啊，但是打气泡沫会出来，其实原因是前期的厌氧发酵使污水中的C/N过低，在后来的微生物处理时就会出现这种情况。遇到这情况，有的人居然说加淀粉。”
中国农业大学资源和环境学院教授李季认为，估计全国养殖场粪污处理要投资5000亿-7000亿元，这些钱完全依靠企业自身很难，建议建立养殖场粪污处理投入资金保障制度。另一方面，因地制宜，选择合理的处理模式，降低环保成本也是当务之急。
资金问题卡住达标排放
目前养殖场废弃物处理方式主要以种养结合为主，在有机肥生产方面，家禽业的普及程度明显高于生猪。
30%以上的养殖场采用了种养结合，这也是最经济的方式。一些100头母猪以下的猪场并未建设沼气池，而是直接还田；即便建，投资也少有超过5万元。据广东省农业环保与农村能源总站高级工程师陈家欢介绍，粪污全部还田利用，可不设排污口。该模式适合出栏5头猪配1亩地。
循环利用模式能够很大程度上降低成本，据四会齐振生猪养殖场老板江泽明介绍说，如果用锅炉跟散热器来供暖的话，初步核算造价是100元/m2，最终数据是 1m3的池解决1m2的供暖能源，那么理论上2000立方的沼气池可以解决2000平方的猪舍供暖，对于一个300头母猪场而言，可以节省10万元/年。陈家欢认为该模式甚至可达到10头猪匹配1亩地。
而对于更大规模的猪场，并且土地有限的，多采用达标排放模式，据资料，处理成本多超过20元/头猪。据《农财宝典》记者此前调研，500头母猪以上的万头猪场普遍环保成本超过100万元。并且部分地区已在提高畜禽污染物排放标准，未来成本将进一步提升。
目前集中处理方式应用较少，适合在镇域范围内，达到一定饲养规模(10公里范围达到5万头猪)的养殖密集区。2015年福建龙岩试点“养治分离”基地处理模式，当地一位养殖户算了一笔账：规模养猪场要达标排放，设备投入至少在50万元以上，普通养猪户很难负担。“‘养治分离’后，农户只是花了万把块安装好管道，将污水排放到基地的储液池即可，每头猪交纳35元。据悉，该模式在2014年就已得到福建省政府办公厅下文支持试点。
