中共十八届五中全会把创新摆在五大发展理念（创新、协调、绿色、开放、共享）之首，并强调必须把创新摆在国家发展全局的核心地位，必须把发展基点放在创新上。
创新是一个民族进步的灵魂，也是经济新常态下食用菌产业持续发展的不竭动力和生命线。纵观我国食用菌产业近三十多年的发展历程，由初期农民自发的“庭院经济”和传统栽培，到现在的设施化、智能化生产，创新在产业发展过程中的推动作用毋庸置疑。同时，受自然资源日渐匮乏、产业结构不尽合理、产业化水平和产品附加值偏低等因素的制约，当前我国食用菌产业正面临着严峻挑战，这也决定了未来我国食用菌产业需要从理论创新、制度创新、科技创新、文化创新等方面寻求更大突破，解决产业在整体布局、生产资源和生态环境等领域的发展瓶颈，持续提高食用菌产业综合生产能力。
首先，我国食用菌产业要以各地气候条件、生产材料状况、劳动力资源等为基础，以社会经济发展水平和市场消费能力等为前提，制定科学规划、合理布局、错位发展、效益优先的创新发展理念。其次，要根据“自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来”的新时期国家科技发展指导方针，结合食用菌产业自身特点，加快形成引领产业发展新常态的制度体系和发展模式。第三，要着眼于食用菌产业长远发展，超前部署基础生产和前沿技术的研究课题，着力加强种质资源保护与利用、新品种选育、精准化栽培、专用设备、标准研制等食用菌关键技术的创新研发，推出一批先进适用技术和拥有自主知识产权的创新性科技成果，确保食用菌产品的市场竞争力。第四，食用菌产业要以产品质量安全为前提，立足于市场多样化需求，加强产业文化的挖掘和普及推广，创造新的市场需求。最后，要以产业发展趋势为着眼点，加强食用菌管理平台建设、人才队伍建设和体制建设，建立既适应国家经济新常态又符合食用菌自身特点的创新体系。
以创新塑造和引领食用菌产业发展，还需要在全行业形成尊重市场主体的发展氛围。从事食用菌生产、加工、经销的企业家和一线技术人员作为产业创新的主体，在发现创新、激励创新、分散创新风险方面发挥着至关重要的作用，是推动产业不断发展的核心力量，理应得到行业的理解和尊重。要通过体制机制的优化设计，使之在收益分配方面得以合理的体现，最大程度保护千万市场主体尤其是企业家的创新精神和合法权益。
实践证明，我国食用菌产业要实现可持续健康发展，唯创新再无他途。未来食用菌产业需要以现代科学技术为支撑，通过不断创新来引领产业结构调整和增长方式的转变，需要尽快实现从规模生产向加工增值，从数量增长向质量提升，从产业优势向经济优势的转变。只有这样，才能不断提升中国食用菌产业的整体发展水平。
