问题四：兽药使用过量
因为多方面的因素影响，我国畜禽用药现状不容乐观，尤其是抗生素的使用问题十分突出。多年来，抗生素促生长、治病快的观念深入人心，在饲料中违规添加的行为时有发生。抗生素滥用的问题在全球已经成为隐患，美国华盛顿特区非营利组织--动态疾病、经济和政策研究中心(CDDEP)根据对科学文献以及国家和地区监测系统的分析，计算并绘制了39个国家12种细菌的抗生素耐药性地图，另外还有69个国家过去十年甚至更长时间内的抗生素使用趋势。结果表明，从2000年至2010年间，全球抗生素消费量增长了30%。这一增长主要是受到诸如南非、印度等国家使用量增长的驱动。其带来的后果已日益明显，例如，印度导致肺炎支原体感染的克雷伯氏菌，对一种碳青霉烯类抗生素的耐药性从2008年的29%，增长到2014年的57%。与此相对，在美国和欧洲，仅有不超过10%的克雷伯氏菌产生了耐药性。对于畜牧业抗生素的使用，这项报告还发现，全球牲畜中抗生素使用量也在攀升。该问题在中国尤其严重，而且这一领域抗生素消费量在2030年可能翻一番。
抗生素的滥用带来了许多后患无穷的问题。最常见也是最严重的是细菌耐药性的上升。有关专家2004年从京津地区发病鸡场分离出120株金黄色葡萄球菌与1995年分离的164株进行药敏测定对比，结果发现其对青霉素、链霉素的耐药性9年间分别上升了50.8%和85%。由此看出养殖户试图单纯通过加大药物剂量解决养殖中的疾病问题是徒劳的，反而致使细菌耐药性增强，畜禽产品药物残留量大幅上升，严重影响了畜产品质量。在水产养殖方面，渔药的使用也存在过量问题。随着水产养殖规模的扩大，及水产养殖病害的日趋严重和病虫害防治技术的普及推广，渔药需求量不断增加，但业内普遍存在渔药生产不规范、产品质量参差不齐及养殖户不遵照说明书使用渔药等问题，部分养殖户缺乏经验，为保证效果，常常超量添加药物，造成渔药的泛滥使用。
抗生素等兽药在养殖业的大量使用甚至滥用，造成细菌耐药性上升，给动物疾病的预防工作增加了极大的难度，随着耐药性上升，使用推荐用量的药物将难以产生理想的效果，养殖户面对此种情况，往往选择加大药物用量，这种做法虽然能在短时间内起到一定效果，但长此以往必然造成耐药性进一步上升，无异于饮鸩止渴。其次，耐药细菌通过各种途径简介传到人类身体内部，一旦感染，治疗难度更大。这一问题也引起了广泛的关注，促使欧洲部分国家和美国部分地区禁用抗生素法案的出台。
问题五：兽药残留问题
根据联合国粮农组织和世界卫生组织(FAO/WHO)食品中兽药残留联合立法委员会的定义，兽药残留是指动物产品的任何可食部分所含兽药的母体化合物及(或)其代谢物，以及与兽药有关的杂质。也就是说，兽药残留既包括原药，也包括药物在动物体内的代谢产物和兽药生产中所伴生的杂质。部分组织中药物分布较多，部分组织中药物分布较少，这与组织的功能有关，也与动物机体的代谢规律有关。随着兽药在养殖业中的广泛使用，兽药残留问题也日渐凸显，不仅危害人类健康，也影响畜产品质量，制约养殖业和兽药产业发展。
产生兽药残留的主要兽药可分为以下四类。
首先是抗生素类，例如氯霉素、四环素、土霉素、金霉素等。抗生素残留可使人体中细菌产生耐药性，扰乱人体微生态而产生各种毒副作用。
其次是磺胺类药物，主要通过输液、口服、创伤外用等用药方式或作为饲料添加剂而残留在动物源食品中。在近15年～20年，动物源食品中磺胺类药物残留量超标现象十分严重，多在猪、禽、牛等动物中发生。
再次是激素类，常见的有盐酸克仑特罗(即“瘦肉精”)、皮质激素类等，其中盐酸克仑特罗(瘦肉精)很容易在动物源食品中造成残留，健康人摄入盐酸克仑特罗超过20μg就有药效，5倍～10倍的摄入量则会导致中毒。
其他兽药例如呋喃唑酮和硝呋烯腙常用于猪或鸡的饲料中来预防疾病，它们在动物源食品中应为零残留，即不得检出，是我国食品动物禁用兽药。苯并咪唑类能在机体各组织器官中蓄积，并在投药期，肉、蛋、奶中有较高残留。
我国农业部在2003年(265)号公告中明文规定，不得使用不符合《兽药标签和说明书管理办法》规定的兽药产品，不得使用《食品动物禁用的兽药及其他化合物清单》所列21类药物及未经农业部批准的兽药，不得使用进口国明令禁用的兽药，畜禽产品中不得检出禁用药物。但在实际情况中，部分养殖户为追求经济利益，将禁用药物违规添加饲喂畜禽的现象时有发生，抗生素过量使用也常导致兽药残留问题。这不仅危害人类健康、影响养殖业发展，也对兽药产业造成了不良影响，拖慢了兽药产业规范化、合法化发展的步伐。
