随着近几十年作物日益高产对土壤养分的掠夺、化肥施用过量和不均衡等行为造成的土壤恶化问题开始显现。事实上，无论从政府层面还是农民层面，大家均认识到当前制约生产的主要问题是土壤问题。2013年国土资源部公布的第二次全国土地调查数据显示，全国有67.35%的耕地为中低产田。
多方研究数据以及北京新禾丰近年来对全国土壤的调查显示，中国耕地土壤存在多方面的问题。
土壤养分方面，蔬菜区域存在大量元素养分尤其是磷、钾养分富集的问题；全国耕地中量元素，尤其是钙、硫亏缺严重，且缺乏面积还在进一步加大。值得注意的是，中国南方部分地区缺镁严重，东北、河南、内蒙古等地区缺硫严重；东南沿海地区缺钙严重。另外，全国土壤微量元素缺乏面积与全国第二次土壤普查数据相比，面积仍然较大，尤其是有效锌的缺乏面积比例由90年代的51.5%上升到2002年的65.8%，有效铁的缺乏面积由90年代的5%上升到2002年的24.4%。
土壤酸碱度方面，中国农业大学张福锁团队的研究显示，全国主要农田耕层土壤pH值下降幅度为0.13～0.8，平均下降了约0.5个单位。
土壤盐渍化、结构方面，由于灌溉不当与施肥不合理，大棚和温室栽培模式下，高达28%以上的土壤盐分高于临界值600μS/厘米，多数作物在这种盐分条件下生长均会受阻，设施土壤的次生盐渍化情况亦十分严峻。而据北京新禾丰对北方设施栽培的调查显示，上千个样本近90%的比例显示，设施栽培土壤存在次生盐渍化、板结、青苔甚至红苔等问题。
土壤污染方面，据2014年4月17日由国土资源部和环境保护部发布的《全国土壤污染状况调查公报》显示，中国耕地的土壤点位超标率为19.4%，主要污染物为镉、镍、铜、砷、汞、铅、滴滴涕和多环芳烃。据估计，中国耕地土壤的重金属污染面积大概在16.67%左右，约占中国耕地总量的1/6。其中镉是当前中国耕地土壤重金属污染最主要元素，污染发生概率高达25.2%。
在中国耕地本身基础条件较差的情况下，加之这几十年农户片面追求单产对土壤养分的掠夺，不合理施肥对土壤的伤害，以及农资产品、工业及生活废弃物等对土壤的污染，中国耕地已经到了必须要改良的地步。
