《通知》要求，以解决一定区域范围内农业生产、生态循环突出问题为导向，充分利用现有的农业生产条件和产业基础，发挥农业部门行业技术优势和农业综合开发财政资金引导作用，科学合理地选择生态农业循环模式，开展畜禽养殖废弃物资源化利用、农副资源综合开发、标准化清洁化生产等方面的建设，促进农牧结合、种养循环，在农业综合开发项目区起到示范引领作用。
《通知》提出四个基本原则：一是整体化设计。在一定的区域范围内，抓住关键、系统谋划、综合设计生态循环农业建设项目，确保产业链条、资源利用循环通畅。二是菜单式选项。对照整体化设计的建设内容、循环模式与项目基础条件，根据“填平补齐”原则，菜单式选择所需建设内容，确保循环模式通畅。三是区域性推进。在县域内选择核心区域整体推进，力争打造一批生态循环农业乡镇，并向周边辐射带动。四是市场化运作。通过政策和资金引导，支持符合条件的农业产业化龙头企业、农民合作社等新型经营主体参与项目建设并负责项目运营。
《通知》要求，以提高区域范围内农业资源利用效率和实现农业废弃物“零排放”和“全消纳”为目标，建立起养分综合管理计划、生态循环农业建设指标体系等管理制度，使循环模式、技术路线、运行机制和政策措施四者有机结合，区域内化肥农药不合理使用得到有效控制，努力实现“零”增长；畜禽粪便、秸秆、农产品加工剩余物等循环利用率达到90%以上，大田作物使用畜禽粪便和秸秆等有机肥氮替代化肥氮达到30%以上；农产品实现增值10%以上，农民增收10%以上，农业生产标准化和适度规模经营水平明显提升，实现资源节约、生产清洁、循环利用、产品安全。
《通知》强调，要按照完整的生态循环农业链条进行项目设计，项目建设原则上须包括畜禽养殖废弃物资源化利用、农副资源综合开发、标准化清洁化生产等三部分内容，同时兼顾资源利用的多样化和废弃物处理的不同方式。
