两年来的改革在一定程度上纠正了价格扭曲的趋势，保障了农民的基本收益，促进了试点农产品特别是棉花生产方式的转变和结构调整，但仍有分散且各界高度关注的一些问题，尤其明年在试点地区(新疆的棉花、东北和内蒙古的大豆)有可能正式确定目标价格制度，这些问题的解决就显得更加迫切。在国务院参事、国家发改委原副主任杜鹰看来，不可能一个办法就把不同品种的农产品面临的问题全部解决掉，“必须因品种施策，采取渐进过渡的办法来推进，才能实现我国农业发展的目标”。
调查得知，与棉花目标价格比临 储价格低的情况相反，东北大豆实行目标价格改革时，价格定得比临储价格高，目的是要稳定东北大豆的面积和产量，但实际的执行情况并不理想。
黑龙江省克山县是我国传统大豆主产区、非转基因大豆核心区。该省农业科学院克山分院研究员杨兴勇表示，大豆目标价格补贴政策还未能很好地引导市场预期，“目标价格公布得比较迟，补贴款也不能按时到位，影响下一年大豆的播种”。
克山县西城镇壮三禾玉米种植合作社理事长郭建成对此记忆犹新：“2014年说是有大豆目标价格补贴政策，我想着等国家公布价格了再种。眼看要播种了，价格还没公布，我猜价格应该还行，就咬咬牙把大豆从3000亩扩大到7000亩。结果到了5月17日，
国家确定2014年大豆目标价格为每吨4800元。当时我就感觉不妙，结果这豆价从当年秋收后就一直跌。2015年也一样，2014年的补贴还没有到位，这让我们咋判断?”而今年的情况也是如此。
在杜鹰看来，大豆的目标价格改革之所以效果不理想，主要在于东北地区的特殊情况和进口大豆的用途上。“不允许进口大豆转做食品用途，这样才能稳住中国国产大豆的市场。
只有稳住这个市场，才能理顺粳米、玉米的比价关系，东北大豆才有可能稳定下来进一步发展。”杜鹰建议，在东北将来要统筹考虑大豆和玉米。“统一实行大豆和玉米在东北地区的补贴，可以叫旱地补贴，或者叫黑土地保护补贴，直接从‘黄箱’变成‘蓝箱’，同时不和目标价格挂 钩，这样一个办法可能比过去的办法要更好。”目标价格补贴政策属于世界贸易组织(WTO)农业支持中的“黄箱”政策，我国加入WTO时承诺的国内综合支持总量为0，只享有8.5%的微量允许空间。
这也意味着我国以价格支持、投入物和投资补贴为主要内容的“黄箱”农业国内支持将维持在8.5%的微量许可水平之内，即对特定产品支持不超过该产品产值的8.5%。“这个空间非常有限。”中国农科院农业经济研究所研究员秦富说。
“所有品种的价格改革必须因品种施策，不能采取一个办法。棉花是棉花的办法，玉米是玉米的办法，同样的稻谷和小麦要采取自己的办法。”杜鹰说。
