1.增加作物产量
各类微生物肥料的增产幅度在10% 左右，其中以复合微生物肥料增产效果最明显，达到20% 以上。研究表明：单独施用微生物肥料没有配施有机肥或化肥对马铃薯的增产效果明显，但是微生物肥料在作物增产中只起到辅助作用，不能代替有机肥和化肥而单独使用。
2.改善作物品质
微生物肥料能改善作物品质已是不争的事实。 某些微生物肥料即使没有明显的增产作用，但仍然能改善作物品质。 施用微生物肥料能够在明显提高蔬菜含糖量和维生素C含量的同时降低蔬菜的硝酸盐含量。
微生物肥料对水果品质的影响也比较明显。刘利军等人的研究表明：在使用微生物肥料后，砀山酥梨叶片氮含量显着降低，微量元素含量、糖酸比、含糖量和Vc 含量等明显增加，并证明了果实的品质、耐贮性和梨果的等级均显着提高。
3.减轻病虫药害
试验结果表明微生物肥料对大田棉花枯萎病和茄子黄萎病均具有稳定的控制作用，病情指数分别降至38.2 和23.5。烟草专用微生物肥料能减轻烟草病毒病害、促进烟草的生长，降低杂气和刺激性。微生物肥料能有效减轻土壤中残留除草剂对作物的药害。
4.改善土壤结构
长期施用微生物肥料，能够恢复土壤团粒结构的形成，起到疏松土壤、消除土壤板结、改善土壤结构的作用。
据报道，在北方寒地黑土上连续3年施用土壤磷素活化剂，土壤容重下降0.1~0.3，疏松土壤效果非常显着。也有研究表明施入微生物菌肥后，由于微生物大量繁殖，促进了土壤中有机质的释放，改善了土壤的理化性质，增加了土壤团粒，改善了土壤结构。
