近年来，杭锦后旗把完善良繁体系建设作为一项重点工作强力推进，连续三年实施畜禽良繁体系建设项目，在全旗初步建成了种畜禽生产供应、配种服务、良种推广“三位一体”的畜禽良种繁育体系，进一步扩大了畜禽良种覆盖率，为建设现代畜牧业发挥了重要作用。
一是积极落实国家良种补贴政策，扎实推进品种改良工作。大力推广奶牛冻精冷配、猪羊人工授精等先进实用繁育技术，不断加快品种改良步伐，目前共完成奶牛冷配3.2万头、年移植鲜胚和冻胚858只，其中肉羊408只，绒山羊450只。
二是对引入的种畜禽严格执行报批报检和质量把关工作，不合格的种畜禽坚决不引进，以确保引种效果，2016年引进肉用种羊208只，其中正洋种畜有限公司引进黑萨福克70只，白杜泊种公羊3只，乌骨羊51只，湖羊84只；引进优质纯种寒羊2250只。
三是强化规模化养殖场科学饲养管理水平，全力推行科学饲喂技术，切实发挥效益。全旗标准化奶牛小区牧场74个，万只肉羊育肥场42个，年出栏5000-10000只的有74个，年出栏1000-5000只肉羊育肥场133个。
截至目前，全旗奶牛良种覆盖率达到98%，肉羊良种覆盖率达到68%，生猪良种覆盖率达到95%。
