党的十九大报告指出：“深化农村集体产权制度改革，保障农民财产权益，壮大集体经济。”创新农村集体经济组织运行机制，是深化农村集体产权制度改革、保障农民财产权益、壮大集体经济的基础与保障。应从以下三个方面入手，积极创新农村集体经济组织运行机制。
明确市场主体地位。在很多农村地区，农村集体经济组织与村两委会的职能交叉不清，妨碍了集体经济组织作用的发挥。应进一步明确三者的职能定位：农村基层党组织是农村各种组织和各项工作的领导核心；村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织；农村集体经济组织在村党支部的领导和村委会的指导下承担协调生产服务和市场营销、运营集体企业等经济管理职能，确保村集体资产保值增值。应认识到，在社会主义市场经济条件下，要管好用好集体资产，必须建立符合市场经济要求的集体经济运行机制，赋予农村集体经济组织市场主体地位。只有这样，才能盘活集体资产，充分激发农村生产要素活力，有效实施乡村振兴战略，不断增加农民收入。因此，应进一步明确农村集体经济组织的市场主体地位，尊重农村集体经济组织依法独立进行经济活动的自主权，明晰产权关系，发展新型集体经济。
完善内部治理结构。只有完善内部治理结构，才能确保农村集体经济组织始终坚持正确的运营理念和方向，不断提高经营效率和效益。首先，探索坚持和发挥农村基层党组织领导核心作用的有效方法。比如，一些地方探索村党组织成员兼任村集体经济组织、农民合作组织负责人，实行村级各种组织向村党组织报告工作制度等做法，进一步增强了农村基层党组织的领导力和影响力。其次，按照现代企业制度的要求健全农村集体经济组织内部结构，引入先进管理理念，设立村民代表大会、董事会、监事会等机构，以确保产权明晰、权责明确、监督有效。一方面，确保村民代表大会按时召开，落实村民在选举、表决、议事、监督等方面的权利，充分发挥村民代表大会对村集体经济组织管理层的监督作用；另一方面，通过民主程序选举村集体经济组织的董事、监事，监督董事会对经理人员的选聘，建立有效的薪酬激励机制和约束机制，吸引更多优秀经营管理人才加入农村集体经济组织。
健全内部管理机制。促进农村集体经济组织规范健康发展，必须建立健全规章制度，特别是注意规范集体经济的股权分配，防止出现“家长制”“一言堂”。各地应拟制适合当地实际的农村集体经济组织章程样本，研究制定发展壮大农村集体经济的扶持政策和保障措施。同时，按照规章制度严格规范农村集体经济组织经营管理，加强财务监管，严格规范资金管理，切实做好管理人员的审计和绩效评价工作，确保农村集体经济组织廉洁高效运营。还应注意的是，市场经济打破了农村集体经济组织的封闭性，农村集体经济组织在吸纳社会资源不断发展壮大的同时，可能会在一定程度上削弱农民在集体经济组织内部的决策主体地位。对此，要采取有效措施，充分调动农民积极性，确保农民能够参与农村集体经济组织运营和管理。可以借鉴某些农业专业合作社的成功经验，将农民的表决权与股权有机结合起来。此外，还应建立健全民主选举、民主管理和民主监督制度，让农民在参与运营和管理时有章可循、有据可依。
