根据水处理方式不同，集装箱养殖分为陆基推水集装箱生态养殖（以下简称“陆基推水式”）和受控式集装箱循环水养殖（以下简称“一拖二式”）两种模式。
陆基推水式
陆基推水式即在池塘岸边摆放一排集装箱，将池塘养鱼移至集装箱，箱体与池塘形成一体化的循环系统，从池塘抽水、经臭氧杀菌后在集装箱内进行流水养鱼，养殖尾水经过固液分离后再返回池塘处理，不再向池塘投放饲料、渔药，池塘主要功能变为湿地生态池。
这种模式的优点十分突出，首先是养殖成本低，设施化农业收获简单，降低了劳动强度。陆基推水养殖，残饵粪便第一时间流到箱体底部的下凹集污槽，经旋流分离器分离，对大颗粒物集中收集处理，初步固液分离后的水体会回到池塘中，节省了排塘干塘的成本。
在集装箱里高密度养殖，可集中投喂，精准控制，节省了饲料成本，提升饲料利用率。一个工人可以看管多个陆基推水养殖箱，管理成本低。
其次是鱼虾品质好，在陆基推水养殖箱中，水是不断环流的，鱼的天性是顶水的，在顶水的过程中，不断把油脂消耗掉，所以鱼虾质好。并且在箱式设备里进行高密度养殖，占地面积少、单位产出高，是普通池塘养殖产量的20-50倍（依养殖种类不同）。
同时，集装箱养鱼有着模块化的优势。使用养殖箱作为养殖载体，安装简单，建造速度快，建设周期短，能够迅速形成生产力，如养殖场地发生变更，可迅速拆解到新场地重新安装。
此外，陆基推水养殖箱配备养殖废水沉淀系统，可将养殖废水进行多级沉淀去除悬浮颗粒后排入池塘进行净化，养殖过程所产生的大部分残饵、粪便可集中收集并无害处理，养殖自身污染极小。由于箱式推水养殖换水量大、水质好，因此病害发生的机率相对大大减少。病害情况容易观察，提前做好病害防控。另外养殖区域集中，使用药物进行病害防治的用药量也大大减少。
陆基推水养殖箱可以有效地抵御台风、洪水、高温和寒潮。极端环境下可关闭循环，以保障鱼类生存。陆基推水养殖箱中有5根纳米曝气管，通过罗茨风机供气，增氧及推动水流，曝气管曝气，整个箱中溶氧量均匀，不会出现缺氧的问题。
一拖二式
一拖二式集装箱养殖则属于全封闭养殖，包括1个智能水处理箱和2个标准养殖箱，一般采用地下水，其核心和关键实全程封闭水处理。该系统集成了水质测控、粪便收集、水体净化、供氧恒温、鱼菜共生和智慧渔业等六个技术模块，通过控温、控水、控苗、控料、控菌、控藻“六控”技术，达到养殖全程可控和质量安全可控，实现养殖智能标准化、绿色生态化、资源集约化、精细工业化。
一拖二式集装箱的技术特点，一是水处理系统含有微滤机、气提管、罗茨风机、臭氧发生器、智能中控系统及生化池等设备，具有固液分离、杀菌消毒、生化处理、多重增氧保障等功能，可以精准调节水体中的溶氧量、pH值、氨氮、硝酸盐等指标，确保养殖水质最佳。
二是恒温系统，通过加热或控温方式，使养殖水体保持全程恒温，既可避免因温度变化带来的鱼体应激反应，提高养殖对象成活率，又可实现全年持续生产，满足错季市场需求、获取持续收益。
三是满足生态绿色环保要求，本身就具备控菌控藻技术，能即时处理养殖粪污，降低养殖病害风险，提高养殖环保水平；而且箱体养鱼虾不受台风、洪涝、高温、冻害等自然灾害影响，减少灾害损失。
根据对2016年广东省罗非鱼良种场的陆基推水式集装箱养殖系统和河南长垣一拖二式集装箱养殖翡翠斑的效益统计表明，按照每亩池塘两个箱体的比例，单箱成鱼养殖2茬/年的标准计算，陆基推水式和一拖二式养殖模式所获利润分别是南方池塘养殖的6倍和5倍，是北方池塘养殖的12倍和10倍。
河南省长垣县2016年7月整合扶贫项目资金1500万元，投资建设“一拖二式”集装箱350个，以600个贫困户免费入股的形式，探索资产收益扶贫新模式；至2017年1月，长垣县600个贫困户收到了首批180万元分红款，实实在在感受到了集装箱养鱼特色产业扶贫带来的收益。
