“先建机制后建工程”改革主要内容有：一是建立公开透明的竞争立项机制，按照“公开申报、充分竞争、综合评审、择优立项”的原则，按县级发布遴选公告——村组或农业经营主体自主申请——乡镇核实上报参选项目——县级水行政主管部门技术审查——县级农田水利规划委员会审核确定的工作程序，优先选择项目。二是建立主体明确的产权划分机制，对拟建工程明确投资构成和资金筹措方式，明确所有权和使用权归属。工程建成之后立即办理移交手续，颁发“两证一书”。三是建立责任清晰的建设管理机制。项目实施前，明确工程建设责任主体，制定具体建设管理方案。探索统一项目法人、多个建设单位的建设机制。健全工程质量监管体系，探索设立项目区农民义务监督员。四是探索灵活有效的管护运行机制。落实管护责任，明确使用权人为工程建后管护责任主体，明确工程维修养护和管理运行经费来源，探索创新管护运行模式，走自主化、集约化、社会化相结合的路子。
改革的重点是“先建机制”，工程建设前先行审查机制建设内容，建设中同步检查工程建设与机制落实情况，建设后在竣工验收时，事先检查工程建后管护运行机制建立情况。同时，改变以往政府包干到底、群众参与度不够的现象，积极引导村组集体、用水合作组织、土地承包经营者等受益主体在统一监管和指导下，开展自主建设，切实发挥财政资金的带动效应。
