一、发热
饲料在贮存过程中温度升高，通常是微生物、昆虫、螨虫或真菌活动引起的。如果未能发现温度升高并对其加以控制，饲料就会因为受热损坏或焦化。由此因起的温度最高可达58℃，然后又会降低到与环境温度相同，其因为真菌和昆虫在58℃的温度下会死亡。蛋白质类原料在温度达到50℃时会发生氧化，到这时这一过程就成为自我支持性的，因而温度会进一步升高到150℃，从而引起燃烧着火。由于存在这样的危险，所以必须监测物料里的温度，一旦发现热区就必须立即对其降温。降温的方法有鼓入冷空气；或将物料隔开码放，加大间距。如果已经着火，通气就只会使事态恶化，因为通入新鲜氧气会支持燃烧。
二、霉味和异味
出现霉味和异味，表明贮存的饲料原料已经受到了昆虫或霉菌较深的侵害，这时有必要对贮存物料送风以驱除异味并降低其温度。应该将这些饲料立刻用掉或处理掉，如果已经生虫则应进行熏蒸。
三、生虫
饲料中出现象鼻虫和谷蛾，通常表明饲料已经受害很深。当饲料贮存在30℃或更高的环境温度下时，其中通常会出现昆虫引起的热区。昆虫的代谢活动会使饲料的温度升高到42℃，并且会增加饲料的水分含量，从而会促进真菌生长，而这又会进一步使温度升到62℃之高。这时应该进行熏蒸，并且应该将这些饲料立刻用掉以防其进一步变质。
四、结块
饲料中的霉菌孢子在水分含量高的地方萌发为菌丝。菌丝呈辐射状生长，引起饲料结块。
时常也见到很多原料有结块现象。豆粕、胆碱、乳清粉、磷酸二氢钙、硫酸钠、
五、化学成分的变化
在前面已讲到的就主要是化学成分的变化。
在理想的贮存条件下，贮存物料也会发生化学变化和物理变化：物料的颜色会改变，其中的磷脂会分解，其中的蛋白质会变性，其中的水分会增加或减少。
六、霉菌毒素
饲料的另一种变质，就是其中存在由霉变饲料中各种霉菌产生的霉菌毒素。这些毒素的存在对畜牧生产和人类健康造成了严重问题。在家畜，霉菌毒素会引起生产率下降、因导致免疫抑制而造成发病率增高、损害动物体内的重要脏器和组织并且危害动物的繁殖性能。
