有机生物复合菌肥是生产无公害农作物的首选肥料，其用法不当自然起不到理想的作用。
一、施肥量：生物复合菌肥性情温和，多施一般也不发生肥害，但考虑到肥料投入的经济效益，应对其用量加以适当控制。计算用量的基本原则是：每亩地与常规化肥等价格（或略低）投入。按目前全国各地每亩地的化肥施用量，每亩蔬菜每茬施用量可在50-150公斤；大田作物每茬50-120公斤，果树可根据树龄大小及产果量，每棵树每次施用1-20公斤。
二、施肥深度。大田作物一般为5-15厘米，施肥深度主要由以下3个方面决定：
⑴作物品种。浅根系要浅些，深根系要深些。⑵土壤类型。土壤粘实透气性差的施浅些，土壤疏松透气性好的可深施一些。⑶土壤湿润程度。水份充足的可浅一些，易旱土壤则应施入深一些。
三、施肥方法
⑴不要用直接拌种，作基肥时也尽量不要与种子接触。⑵可作为基肥，也可作为前期追肥。遇到低温季节，作基肥要早，一般播种或移栽之前3-5天为佳，保持土壤湿润，否则肥效没有速效化肥快。⑶对于生长时间超过2个月以上的作物，应分次施用，每30-60天施用一次，每亩每次追肥用量不低于20公斤。最后一次追肥（增大施用量）应在收获20天之前施用。⑷可采取撒施、条施、穴施等多种方式，但集中施用的效果较好（不与种子直接接触）。⑸果树可于树冠滴水线以内适当位置开沟均匀环施。⑹施肥后一定要覆土，覆土深度也就是施肥深度。必须在施肥掩埋后尽早浇水，否则肥效不能及时发挥。⑺在整个生长季节内，可配施少量化学肥料。这也符合我国倡导的有机肥料和无机肥料配合施用的基本方针。⑻在作追肥时，可将肥料溶于水中直接浇根，效果更为理想。
