水肥是棉花生产措施中两个最活跃的因素，水肥的调节促控对决定棉花产量具有非常重要的作用。但是有些棉农不切实际，为了追求较高的棉花单产及较高的植棉效益，盲目地灌水施肥，造成棉花单产下降，甚至有些棉田水肥后大面积死亡，轻者达10％，重者达50％，经济损失非常严重。
死苗的原因：
盐害。化学肥料大都是由各种不同的盐类组成，所以当它们施入土壤后，就会增加土壤溶液中盐的浓度而产生不同的渗透压。如因大量施用化肥而使得土壤溶液的渗透压高于细胞质的渗透压，则细胞不但不能从土壤溶液中吸水，反而将细胞质中的水分倒流进入土壤溶液，这就导致棉花受害死亡。
碱害。在高pH值的土壤中，因施尿素而产生局部pH值高的情况下，土壤的硝化作用被抑制，有可能出现高浓度N03-的积累，对作物产生一定的毒害。
灌水质量不好。目前在棉花灌水上最大的问题是没有严格按照棉花生长发育及需水规律进行合理灌溉，而是大水漫灌和盲目乱灌，出现积水淹苗现象，使地下水位上升。加之地下径流不畅，矿化度高，在强烈的蒸发条件下，土壤发生严重的次生盐渍化，根系集中区内大量积盐，遭受很强的毒害作用，最终导致棉花死亡。
施肥不科学、不合理。尿素在夏季表施后，在尿酶作用下先经水分解变成（NH4）2CO3或NH4HC03，它们在高温的影响下，特别是在高pH的土壤上进一步快速分解生成氨气，土壤吸持离子少，形成大量的NH3挥发而产生氨中毒，不仅损失了氨，也可导致棉花死苗。
应采取的措施：
加强平整土地。在盐碱地上，土壤不平直接影响到土壤水分和盐分的重新分配，土壤含盐不均匀关系到作物的保苗。因此做好土地的平整工作，是保证精量灌溉，均匀灌水，减少田间水的损失，消除盐碱斑点，治理盐碱的基础。
增施有机肥和实行秸秆还田。采取农业措施，增施油渣等有机肥，实行秸秆还田，种植苜蓿、油葵绿肥，改善土壤的理化性质，巩固土壤脱盐效果。
灌排配套，洗盐压碱。控制引水量，疏通排碱渠系，排出盐碱水，使盐渍化区特别是重盐碱化区有灌有排，灌水有来源，排水有出路，灌排结合，降低地下水位，加速土壤脱盐脱碱。
测土平衡施肥，改进施肥方法。利用土壤养分含量和棉花的需水规律及数量进行推荐施肥，不仅省工、省肥，提高了肥料的利用率，而且达到了节本增效，增加农民收入的目的。不能盲目地依靠化肥投入量来增加棉花单产。在施肥方法上，采用全层施肥和追肥相结合，氮肥无论作为追肥还是作为基肥，均应深施，不应大量地撒施于地表。
大面积推广高新节水技术。改大水漫灌为精良灌溉即滴灌。可根据棉花的需水规律和土壤水分状况进行适时适量的灌溉，提高灌水的均匀度，满足棉花不同生育期对水分的需求，避免地下水分上升，遏制土壤次生盐碱化的发展，降低土壤表层的盐分，为棉花根系生长发育创造良好的环境。
