施肥对蔬菜的污染主要有两个途径，其一是通过肥料中所含有的有毒有害物质，如重金属、病原微生物、毒气等直接对蔬菜或土壤的污染；其二是通过施入大量氮素肥料造成蔬菜体内硝酸盐的过量积累。因此，绿色蔬菜生产中使用肥料的原则是必须使足够数量的有机物质返回土壤，以保持增加土壤肥力及土壤生物活性，并不会对环境和作物(营养、味道和植物抗性) 产生不良影响。
针对施肥对蔬菜污染的两个途径，在施肥上应注意以下几点：
(一)绿色蔬菜用肥上应选用农家肥商品肥料应首先选用商品有机肥，腐植酸类肥料，微生物肥料，半有机肥料及含磷、钾、钙、硫的无机肥料。
(二)在施肥上应注重以下几点
1.重施有机肥：有机肥不会导致蔬菜硝酸盐污染，耐储存，品质好。但用于蔬菜的有机肥应充分腐熟。
2.不施硝态氮肥：氮肥施用不当，容易造成蔬菜积累氮素，形成硝酸盐。尤其施用硝酸铵，硝酸钾等硝酸肥更容易积累硝酸盐。施用碳铵，硫铵和尿素等氮肥，应控制用量，而且深施覆土，可减少蔬菜对硝酸盐的积累。蔬菜中硝酸盐的积累随着施肥量的增加而提高。因此，每667m2施氮量应控制在纯氮15kg内，2／3作基肥，1／3作苗肥深施。
3.因地施肥：肥力高，富含有机质的土壤，蔬菜易积累的硝酸盐，应禁施或少施氮肥。低肥菜地，蔬菜积累的硝酸盐较轻，可施氮肥和有机肥以培肥地力。一般菜地，如采取测土配方施肥，这样既有利于高产，又使蔬菜不易积累硝酸盐。还有利于培肥地力。
4.因苗施肥：蔬菜苗期施氮肥较好，有利于蔬菜早发，快长，降低硝酸盐含量。
5.因季节施肥：夏秋季气温高，不利于织累硝酸盐，可适量地施氮肥。冬春季气温低，光照弱，硝酸盐还原酶活性下降，容易积累硝酸盐，应不施或少施氮肥。
6.叶用蔬菜不施尿素作叶面肥，氮肥作叶面肥直接与空气接触，铵离子易变成硝酸根离子被叶子吸收，硝酸盐积累增加。
