目前，对鸭瘟尚无有效药物可治疗，而对鸭霍乱药物治疗效果很好。此两种病大症状很相似，很易混淆，所以在防治时务必准确鉴别，才能确保治疗效果，减少不应有的损失。
一、流行病学特点鉴别1、鸭瘟仅引起鸭、鹅自然发病，流行期比较长，当鸭瘟传入一个易感鸭群时，一般在3~7天后开始出现零星病鸭，再过3~5天后才开始大批发病，整个流行过程可达15~30天，死亡率平均在90%以上。而鸭霍乱在各种家禽包括鸭，鸡，鹅、火鸡和鸽均可感染。病程短促，病程一般在数小时至2天内死亡。雏鸭常呈流行性发病，死亡率可达80%以上。成鸭多为散发性流行，其流行呈间歇性。2、鸭霍乱一般是零星发生，突然死亡，尤其是正在产蛋的母肉鸭颇为多见。鸭霍乱能传染给鸡、甚至猪；而鸭瘟流行范围较广，病程也较长，一般多在病后4~6天死亡，但不传染给鸡、猪。
二、临床症状鉴别1、鸭瘟特征性症状是流泪、眼睑肿胀，两脚发软不能站立，下痢、头颈部肿大，俗称“大头瘟”。而鸭霍乱最急性病例可无任何症状而突然死亡。急性病例呈现精神萎顿，食欲停止，呼吸困难，口腔和鼻孔有时流出带泡沫粘液，有时流出血水，频频摇头，很快死亡，俗称“摇头瘟”。2、翻开鸭肛门，出现充血，水肿或有黄绿色假膜者，则可判断是鸭瘟。
三、剖检鉴别1、鸭瘟病例食道和泄殖腔粘膜有黄褐色假膜覆盖，腺胃粘膜出血或坏死；而鸭霍乱在胸膜腔的浆膜，尤其是心冠沟和心外膜有大量出血点，脾脏常呈樱桃红色。最具特征的是整个肝脏表面散布着灰白色针。2、发生鸭霍乱的病鸭或死鸭，肝脏表面有许多针头大小、分布均匀的灰白色的坏死；而鸭瘟则没有这些症状，但全身皮肤表面有许多出血斑点，头颈部出血更为严重。
四、死状鉴别患鸭霍乱的病鸭，死亡前常摇头；死亡时口、鼻流稀血水，嗉囊内充满饲料，手摸感觉硬实；而患鸭瘟的病鸭，流涕流泪，死亡时眼睛充血，嗉囊内虚无食物，手摸感到松软。
五、药物治疗鉴别鸭霍乱可用磺胺类药物或抗菌素治疗，效果满意，但对鸭瘟则无效。
