有些化肥施用后可以提高蔬菜品质与产量，但有些化肥施用后虽能提高蔬菜产量，但还会对蔬菜产生污染，进而对人体造成危害。
硝酸铵和其他硝态氮肥一般不宜施用于蔬菜。硝态氮肥施入菜田后，会使蔬菜中的硝酸盐含量成倍增加，硝酸盐在人体中容易被还原为亚硝酸盐，而亚硝酸盐是一种剧毒物质，对人体危害极大。
氯化铵、氯化钾等含氯化肥不宜施用于番茄、马铃薯。含氯化肥在土壤中分解后，铵离子或钾离子会被土壤吸附或被蔬菜吸收，使得土壤中氯离子的浓度逐渐增大。当氯离子的浓度达到一定程度时，会对蔬菜根系产生毒害作用。
叶菜类蔬菜忌叶面喷施氮肥。叶面喷施氮肥，铵离子与空气接触后易转化为酸根离子被叶片吸收，因为叶菜类蔬菜生育期短，硝酸盐很容易在叶片内积累。因此，忌对叶菜类蔬菜叶面喷施氮肥。
施用微肥能促进蔬菜优质高产，但蔬菜对微量元素的需求极少，过量施用微肥不仅会造成浪费，而且还会对植株易产生毒害作用。在施用微肥时，硫酸亚铁每亩用量不能超过３．２５公斤，硫酸锰、氯化锰每月每亩用量不能超过２．０５公斤，硫酸铜每亩用量不能超过２公斤，硼砂、硼酸每亩用量不能超过１．２５公斤。
