根据田间实际状况对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。
根据土壤墒情施用。菌肥的最佳温度是
不能和其他农药混用。为防止活菌致死注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如硫酸钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
因量制宜。对于多年来用化肥的田块施用了生物菌肥不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代理应做到第一、二、三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补足，不能减少。
因时制宜。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7~10天施用效果最佳。
不同种类的菌肥也不宜混用。目前，市场上的菌肥种类很多，其所含的活性菌不同，它们之间是否有相互抵制作用还不是很清楚，若相互抵制，则会降低肥效。
