唐菖蒲常见的病害有球茎腐烂病、叶枯病等；常见的虫害有蓟马、蛞蝓等。
球茎腐烂病，是贮藏期经常发生的一种病害。染此病后，球茎表面会出现黄褐色稍有凹陷的病斑，四周出现黑色溃疡状，遇空气湿度大时，病斑迅速扩大，表面出现青绿色的霉层，导致球茎萎缩干硬。预防措施是，挖球茎时要细心，避免球茎创伤。收获球茎后，最好先用冷水浸泡，再用酒精消毒后阴干贮藏，且使贮藏室通风、干燥，保持4-5 度低温。
叶枯病多从唐菖蒲下部叶片尖端开始发病，初为褪绿色黄斑，后期病斑干枯出现黑褐色霉层，7-9月发病较严重。预防措施是，栽种前剥掉球茎干枯鳞片。并用0.5%的高锰酸浸泡球茎15分钟，进行消毒处理。或在植株病发初期，用1%等量式波尔多液或50%代森锌1000倍液，8-10天喷洒一次。
蓟马，这种害虫的成虫、若虫白天一般匿藏在叶腋间危害植株，阴天或夜间则爬到叶面上来危害。它主要食豁植株的叶、茎和花，使叶片变色，花冠上留下白灰色的点状食痕和产卵痕，导致花瓣卷缩。可用用2.5%溴氰菊酯剂400倍液喷洒防治。
蛞蝓，即俗称的劓涕虫，是一咱分布广、食性杂的害虫，它的成虫和若虫多蚕食植株的嫩芽、叶片，爬经处常会留下银白色的痕迹。可用3%石灰水或100倍氨水喷洒防治。
