3.母种分离方法 有孢子弹射、组织分离和基质菌丝分离3种方法。这里主要介绍组织分离方法。组织分离方法：即切取各菇上小块组织移接于斜面培养基上，培养成母种。食用菌的子实体实际上就是双核菌丝的纽结物，它具有很强的再生能力。因此，只要切取一小块组织，把它接种到适宜的培养基上，适温培养，就能得到纯菌丝体。组织分离是把选好的种菇带入无菌室，在超净工作台上，用75%的酒精棉揩拭菌盖与菌柄，再用经火焰灭菌的解剖刀在菌柄的中部切开。使菇体形成对开。在菌盖和菌柄交界处或菌褶处，用接种刀切取一小块菇体，然后纵切成5毫米×10毫米的小薄片，用接种针挑取一块薄片，接入斜面培养基的中央，每支试管接种一小块薄片，待其萌发菌丝，即可得到母种。
4.适温培养 将上述试管放入已消毒的培养箱或培养室内培养，温度控制在25℃左右，使分离获得的孢子或菌丝在适温下发育。组织分离接种后二三天，菌丝即萌发，并在培养基上蔓延生长；菇体分离接种后，一般情况下组织块先转为黑褐色，大约7天后组织培养块上长出白色绒毛状菌丝。
5.母种的提纯 在菌丝萌发后，要认真观察，挑选色泽纯、健壮、长势正常和无间断的菌线，在无菌室超净工作台上连同培养基钩取菌丝，接人另备的试管培养基上。在23℃～25℃的恒温条件下，培养7天～10天，待菌丝长满试管后，再进行观察，从中择优取用，即为“母代”母种。
6.母种的转管培养 将一支长满菌丝的试管在无菌操作下，分别转接到多只试管中培养。一般每支母种可扩接30支～50支，生产上供应的多为子代母种。它可以再次转管扩接。一般每支又可扩接成20支～25支子代母种，但转管次数不得超过4次。因转管代数过多易使菌种生活力降低。
7.出菇试验 把母种接种于瓶装或袋装的木屑培养基上，根据各种菇的种性对温度的要求，进行适温培养，直至出菇才证实可用于生产。
二、原种繁殖培养
将母种接在瓶装或袋装的木屑培养基上，通过培养，即成原种。
三、栽培种扩大培育
将原种再次扩接在同样的木屑培养基上，在适温条件下培养30天～35天即为栽培种（又叫生产种），可用于生产栽培。
