1霉菌毒素
不论何时饲料污染了真菌，这些真菌的次级代谢产物都可能在饲料中积累，并对家禽产生毒性。迄今已鉴别出200多种真菌代谢产物（霉菌毒素）。这些霉菌毒素即便摄入量很少，也常会导致家禽性能的降低。但仅发现几种霉菌毒素对禽类肠道的完整性有直接的不良影响。棕曲霉毒素A对禽类肝和肾造成的损害最为明显，这种霉菌毒素还能引起肠道脆性增加。肠道壁很薄，常在加工期间破裂，引起胴体粪便污染。棕曲霉毒素A通过降低禽类肠道的耐切强度而增加其脆性。这种脆性的增加是由于肠壁的正常胶原蛋白的合成受到破坏引起的。已报道镰刀菌毒素引起产蛋鸡和肉鸡口腔和胃肠道损伤，镰刀菌毒素中毒的口腔损伤症状为干酪样坏死。
2蛋白黑素
已报道氨基酸的一些衍生物对肠道的结构完整性有不良影响。人们已对这种褐色反应后期阶段出现的褐色素（蛋白黑素）进行了广泛的研究，大鼠上尤其如此。当大鼠喂以4%蛋白黑素（葡萄糠+甘氨酸）的饲粮时，其肠壁发生了形态学变化。蛋白黑素引起小肠绒毛的上端坏死和绒毛上皮细胞的脱落。形态学变化认为不是由于炎症引起，而是由于与饲喂高纤维饲粮相似的机械磨损所致。
3生物胺
浓度通常很低，正常情况下对动物不会有问题。但是，当饲料原料发生细菌腐败时，这些胺类的数量增加，对动物尤其是家禽可能产生毒性。这些胺类包括腐胺、尸胺、组胺、酪胺、亚精胺、苯胺和色胺。生物胺，特别是组胺，引起前胃肿大，其中的腺乳凸出，肌胃总体糜烂，肠道上部产生过量含有大量上皮细胞的粘液，肠黏膜的总体破坏。
4肌胃糜烂素
给雏鸡饲喂过度加工的鱼粉可影响消化道上段的完整性。日本科学家从过热加工的鲭鱼粉中分离到很强力的致肌胃糜烂的物质，把此物质称为肌胃糜烂素。他们测得这种毒性氨基酸是由组氨酸和赖氨酸结合生成的。肌胃糜烂素是鸡胃酸分泌的强力促进剂，作用机理与组胺相似。但其作用比组胺强，作用持续时间比组胺长。
5氧化产物
单个饲料原料或全价饲粮的氧化可导致不良化合物的生成，家禽若摄入这些不良化合物，会引起其性能的降低。这种“酸败”作用导致过氧化物的形成，过氧化物的主要作用目标是细胞膜脂肪分子中脂肪酸的不饱和键。这些脂肪氧化的结果导致膜流动性及受体排列的丢失，甚至引起细胞裂解。已用家禽进行了少量的旨在专门识别过氧化物对消化道完整性产生有害影响的试验研究。这个领域尚需做更多的研究工作，因为消化道的微生物菌群首先要面对这些氧化产物。据报道，氧化后的脂肪对肠绒毛的长度、正常微生物菌群、养分吸收及与肠有关的免疫系统会产生有害影响。更好地理解氧化产物在消化道中产生的影响，将有助于解释当禽类摄入这样的产物时引起其性能降低的确切机理。
6疾病
有大量致病因子均对消化道的完整性有不良影响。引起家禽肠炎最常见的因素之一是球虫。正常情况下，垫草上饲养的健康禽类对球虫应能产生免疫反应。由这种寄生虫低水平的恒定刺激对发育和维持免疫功能是必需的。肠炎也能由线虫和绦虫引起，这种寄生虫当其在肠道中的浓度很高时常会导致肠梗阻。坏死性肠炎最常见的诱因之一是细菌，而与此有关的较常见的细菌为产气荚膜梭状芽孢杆菌。这种微生物产生的毒素可引起肠黏膜的大面积破坏。坏死性肠炎已表明与亚临床球虫病及当给家禽喂给黑麦、大麦和小麦这样的谷物时常发生肠道粘性增加有关。这些谷物所含的非淀粉多糖能减慢肠道食糜的正常流通速率，进而导致产气荚膜梭状芽孢杆菌的过度生长。出血性肠炎直接由腺病毒感染引起，这种病常见于火鸡。肠绒毛尖端破坏，引起小肠上部出血。其他病毒，如呼肠孤病毒、轮状病毒、冠状病毒、细小病毒、类肠病毒及钙质病毒，已表明可引起最终导致肠炎消化道黏膜的破坏。
