5月上中旬，棉苗有3片至4片真叶时移栽，以温度高低为主要标准，5厘米地温稳定在18℃为移栽适期。中晚茬棉，在5月下旬或6月初，棉苗有6片至7片叶时及早移栽，棉苗移栽常用的方法有打洞移栽和开沟移栽两种。
打洞移栽，前茬作物收获后土地不耕翻，在移栽行上开一条3厘米深的沟，打洞移栽。洞的大小同钵体一致，深度以移栽后营养钵低于土表1.5厘米为宜。打洞时注意株行距，保证密度、移栽前洞内施肥，每亩施用碳酸氢铵7.5公斤，过磷酸钙15公斤，并灌注洞深三分之一的稀薄泥浆，然后将营养钵放入，把钵体施入洞底；或者将肥料拌稀泥浇施于洞内。移栽后覆土壅根，使营养钵与土壤密接，不漏风。不施用泥浆等肥料，移栽当天应施好活棵肥水，麦垄套栽的每亩施入畜粪250公斤；麦后移栽的每亩施入畜粪500公斤，冲水浇施。
开沟移栽，前茬作物收获后耕地做畦，按种植行开沟栽苗。可用机械或畜力开套槽，套槽深10厘米至16厘米，套槽内施入基肥，根据移栽密度栽苗、覆土。覆土分两次进行，先覆土三分之二，压紧，浇活棵水，然后再覆土。
