复合肥具有养分含量高、副成分少且物理性状好等优点，对于平衡施肥，提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。但它也有一些缺点，比如它的养分比例总是固定的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。因此，使用前最好进行测土，了解田间土壤的质地和营养状况，另外也要注意和单元肥料配合施用，才能得到更好的效果。
随着粮食产量的提高，土壤缺素的现象已经表现出来，现在农民开始更多地选用多元复合肥。
目前，复合肥的发展具有三大趋势：第一是多品种专用化。不同作物有不同的专用肥，专用肥是根据作物生长发育规律和吸肥量研制生产的。农民在选用复合肥时，要根据不同作物选择相应的专用肥。如果不是专用就违背了作物吸肥规律，使作物的增产潜力得不到发挥，同时造成某些营养元素浪费。第二是多功能药用化。将农药和化肥结合到一起，免去药剂拌种程序，一次施用既能保证作物所需养分又能防治地下害虫和苗期病害，可起到多重效果。第三是高浓度长效化。随着农业生产的发展，高浓度长效化的复合肥越来越受到农民欢迎，这种类型肥料的应用减少了施肥用量，方便耕作，免去追肥环节，减轻了劳动量，提高了肥料利用率，省工、省力、省时，提质增效。
要与多种肥料配合施用
虽然现在大多数复合肥都是多元的，但仍然不能完全取代有机肥，有条件的地方应尽量增加腐熟有机肥的施用量。复合肥与有机肥配合施用，可提高肥效和养分的利用率。有机肥的施用，不仅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是节省能源，减轻环境的污染。使用一些生物有机肥，不但可免去传统制作有机肥的繁琐过程，而且可为土壤提供大量的有益微生物，活化土壤养分，减少连作障碍。
某些专用复合肥虽然根据作物的需肥特点、土壤的供肥特性确定了适宜的养分配比，但也很难完全符合不同肥力水平土壤上作物实际生长的要求，因此有必要根据作物的实际生长情况，再配合使用一些单质肥。如在缺氮土壤上对需氮较多的叶菜类需使用一些氮肥，在缺钾土壤上对需钾较多的西瓜后期要使用一些钾肥。
抓住复合肥的特点施用
复合肥肥效长，宜做基肥。大量试验表明，不论是二元还是三元复合肥均以基施为好。这是因为复合肥中含有氮、磷、钾等多种养分，作物前期尤其对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施。控释复合肥在生产过程中采用了包衣、造粒等工艺，肥效缓慢平稳，比单质化肥分解慢，养分淋失少，利用率高，适合于作基肥。一般亩用量为30至40千克。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。
复合肥分解较慢，对播种时用复合肥做底肥的作物，应根据不同作物的需肥规律，在追肥时及时补充速效氮肥，以满足作物营养需要。
复合肥浓度差异较大，应注意选择合适的浓度。目前，多数复合肥是按照某一区域土壤类型平均养分状况和大宗农作物需肥比例配置而成。市场上有高、中、低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25％至30％之间，中浓度在30％至40％之间，高浓度在40％以上。要因地域、土壤、作物不同，选择使用经济、高效的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济类作物上，品质优，残渣少，利用率高。
复合肥浓度较高，要避免种子与肥料直接接触。复合肥养分含量高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5到10厘米左右，切忌直接与种子同穴施，造成肥害。
复合肥配比原料不同，应注意养分成分的使用范围。不同品牌、不同浓度复合肥所使用原料不同，生产上要根据土壤类型和作物种类选择使用。含硝酸根的复合肥，不要在叶菜类和水田里使用；含铵离子的复合肥，不宜在盐碱地上施用；含氯化钾或氯离子的复合肥不要在忌氯作物或盐碱地上使用；含硫酸钾的复合肥，不宜在水田和酸性土壤中施用。否则，将降低肥效，甚至毒害作物。
复合肥中含有两种或两种以上大量元素，氮表施易挥发损失或雨水流失，磷、钾易被土壤固定，特别是磷在土壤中移动性小，施于地表不易被作物根系吸收利用，也不利于根系深扎，遇干旱情况肥料无法溶解，肥效更差。所以复合肥的施用应尽可能避免地表撒施，应深施覆土。
正确使用复合肥，会给我们带来良好的收益。另外在选择复合肥时也要注意所含的养分情况以及包装和生产厂家，谨防受骗。
