无公害蔬菜生产可通过严格掌握肥料品质，选择肥料类型、确定用量和追肥时期等科学施肥技术，既培肥土壤以确保蔬菜高产稳产所需的营养供给，又有利于培育抗病虫害的壮苗壮秧减少农药的使用，以确保在对生态环境无害的前提下，生产出优质无公害的产品并获得较高的经济效益。大量长期连续地使用化肥会造成土壤退化，主要表现在土壤酸化、钙镁淋溶量加大、土壤结构被破坏、土壤中养分含量不平衡以及对生态环境的污染等方面，而施用有机肥则可减缓上述过程。
一、有机肥在无公害蔬菜生产中的作用
有机肥料含有丰富的有机质和作物所需的多种营养元素，是一种完全肥料，对改良土壤、增肥地力和无公害蔬菜的生产具有独特的作用。
1.有机肥养分齐全，许多养分可以被蔬菜作物直接吸收利用。
2.能改善土壤的结构和理化性能，提高土壤的缓冲能力和保肥供肥能力，可增加土壤的通气性和透水性，从而改善了土壤的水、肥、气、热状况。
3.有机肥在土壤中能形成腐殖质，不仅可以直接给植物提供营养，而且其胶体能和多种金属离子形成水溶性和非水溶性的结合物或螯合物，可增加微生物的种类和活性。
4.超量施用化肥易形成盐类浓度障害，而有机肥的营养是慢慢释放的，长效的，多施不易发生浓度障害。
5.多数保护地是接近封闭的设施，有机肥在分解过程中释放出的大量co2，成为光合作用的重要原料来源，而且多施有机肥可提高冬季温室土壤的温度，这对喜温类蔬菜的温室冬季生产是十分珍贵的。
6.有机肥和化肥在n、p、k含量相同时，有机肥可以大大降低蔬菜产品中硝酸盐的含量。
7.增施有机肥可提高蔬菜产品中vc、还原糖、矿物质等营养物质的含量，改善品质。
8.长期施用有机肥可提高植株的抗逆性、抗病性，并且能保持蔬菜生产的丰产稳产。
有机肥多数是人和动物的排泄物以及动植物残体等，来源复杂，在无公害蔬菜生产中使用时应注意高温消毒、卫生操作。所以一定要注意有机肥的来源，尽可能选择环境质量好的有机肥，逐步按国际有机农业运动联盟的内循环产业要求，进行无公害蔬菜生产。
二、有机肥的施用方法
传统的有机肥堆制和施用方法，不仅肥料有效养分含量低，同时还消耗大量的人力物力，并且不卫生。由于鸡场、猪场的规模化经营中粪便处理没有解决，又带来了对环境、土壤和蔬菜的污染。因此我国北京、上海等大城市在吸收国外经验的基础上，近年来开展了有机肥料工厂化的加工研究工作，并取得了一定的成果。如北京市，以鸡粪为主要原料，采用现代化工业生产方式及一些设备，进行工厂化加工，生产出高效有机肥（无臭鸡粪）；同时又根据不同蔬菜种类需要，少量加入无机化肥，生产出适合不同种类蔬菜作物专用的有机无机混配复合肥，如适合中等肥力叶菜类的专用肥，其中含有机质22.1%、n 8%、p2o5 6%、k2o 8%，还含有ca、mg、s及多种微量元素。这种养分完全、速效缓效兼备，既有很好的增产效果，又有良好的培肥改土作用的肥料，深受广大菜农的欢迎。人、畜、禽粪便经过加工减少了杂质，养分含量大大增加，其运输量明显减少，使用也十分方便。同时经过加工处理，对粪便中的病原体如寄生虫卵等有杀菌杀虫的作用，加工后的肥料不仅无臭味，而且卫生清洁，为无公害蔬菜生产创造了条件。
另一个简便实用的方法是高温堆肥，肥料在堆制腐熟过程中，因发酵可产生55～70℃的高温，持续10～15天，对杀灭农业废弃物中的病原微生物、虫卵及杂草种子具有显著效果。因此，高温堆肥是农业废弃物无害化处理的有效措施，对防止菜田环境的生物污染，减少蔬菜生产过程中病虫害的发生和杂草的滋生具有显著效果。
三、无公害蔬菜生产的施肥技术
1.基肥 无公害蔬菜生产的基肥应为有机肥。选择符合无公害蔬菜生产的有机肥面施、深施，并与土壤混合均匀。
2.追肥 蔬菜是大水大肥作物，尤其是生育期长、连续结果的瓜果类蔬菜，除需要大量的有机肥作底肥外，还需要补充追肥。为达到无公害蔬菜的生产标准，就必须优选肥料类型、用量和追肥时期。
（1）追肥所用的肥料不一定是矿质化肥，可采用中国传统的粪干、饼肥等有机肥，并严格控制追肥用量。
（2）追肥的时间，对于一次性收获的蔬菜，为避免硝酸盐的积累，追肥应提前进行，严禁在采收前15～20天内追肥。对于连续生长结瓜的瓜果类蔬菜，也应尽可能在采收高峰来临之前15～20天施用。
（3）根据不同种类蔬菜对硝酸盐积累敏感与否灵活掌握茬口安排和施肥培土措施，如在生产那些对硝酸盐不敏感的瓜果类蔬菜时可用较大量的有机肥作基肥、追肥 ；而在生产对硝酸盐积累敏感的叶菜类、根菜类蔬菜时尽可能不施肥或少施肥。并尽量利用前茬施肥较多的茬口，以直接利用前茬的养分。
但所有这些施肥措施都必须在无公害蔬菜生产允许的条件下进行，以不污染生态环境，生产出的农产品符合无公害标准为前提。
